靶基因甲基化測序（Target-BS）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 型號(hào)
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- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時(shí)間 2023/3/3 17:08:22
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大家好，這是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。
對(duì)目標(biāo)基因/CpG 位點(diǎn)甲基化檢測，建立靈活的靶向甲基化測序技術(shù)。
易基因建立的靶基因甲基化高通量測序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是針對(duì)已有目標(biāo)基因panel組合，運(yùn)用易基因自主研發(fā)的甲基化特異性多重PCR引物設(shè)計(jì)軟件，對(duì)亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化后的目標(biāo)基因多重?cái)U(kuò)增，建庫后進(jìn)行超高深度（1000X以上）甲基化精準(zhǔn)檢測。
應(yīng)用方向：
Target-BS廣泛用于已知位點(diǎn)的甲基化Biomarker篩選、驗(yàn)證及臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用
后續(xù)目標(biāo)基因的甲基化驗(yàn)證
技術(shù)優(yōu)勢：
多基因多重?cái)U(kuò)增，檢測通量高；
超高深度亞硫酸鹽甲基化測序，相對(duì)于傳統(tǒng)BSP克隆測序，檢測靈敏度、準(zhǔn)確性高，可準(zhǔn)確檢測到樣本中低于1%的甲基化水平；
樣本需求量低，20ng基因組DNA可實(shí)現(xiàn)多基因擴(kuò)增；
適用范圍廣，對(duì)基因組DNA、FFPE樣本、游離cfDNA等樣本均適用；
檢測費(fèi)用顯著低于現(xiàn)有技術(shù)、快周期。
技術(shù)路線：
實(shí)驗(yàn)策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
經(jīng)典案例：
參考文章
Vitamin C Prevents Offspring DNA Methylation Changes Associated with Maternal Smoking in Pregnancy
靶基因DNA甲基化測序驗(yàn)證補(bǔ)充維C可減少后代因母親妊娠期吸煙而發(fā)生的DNA甲基化變化
背 景：
妊娠期吸煙可能導(dǎo)致嬰兒出生后終生肺功能下降。此前已有不少研究描述了孕婦吸煙相關(guān)的的DNA甲基化變化，如在分娩時(shí)的胎盤和臍血、胎兒肺以及兒童時(shí)期的口腔上皮和血液中。本研究為確定補(bǔ)充維生素 C 是否會(huì)減少后代因母親因妊娠期吸煙而發(fā)生的甲基化變化。
方 法：
對(duì)胎盤、臍帶血樣本和口腔樣本進(jìn)行靶向重亞硫酸鹽測序，然后使用靶基因DNA甲基化測序?qū)x定的臍帶血差異甲基化區(qū)域進(jìn)行獨(dú)立驗(yàn)證。
結(jié)論：
安慰劑組和非吸煙者組之間甲基化差異≥10%的大多數(shù)CpG（69.03%）在補(bǔ)充維生素C后，至少50%可恢復(fù)到非吸煙者水平?；謴?fù)的CpG中有相當(dāng)一部分與低甲基化CpG富集程度較高的表型結(jié)果相關(guān)。
靶基因DNA甲基化測序覆蓋的所有321個(gè)CpG是平均覆蓋深度的 337 倍
Target-BS用于甲基化多位點(diǎn)甲狀腺結(jié)節(jié)診斷
Target-BS發(fā)現(xiàn)食管鱗癌甲基化 biomarker
參考文獻(xiàn)：
①Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)，DOI 10.1186/s13148-017-0430-7
②Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics，DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0841
③Investigation of measurable residual disease in acute myeloid leukemia by DNA methylation patterns，doi.org/10.1038/s41375-021-01316-z
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