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PCR污染與對(duì)策
點(diǎn)擊次數(shù):1237 發(fā)布時(shí)間:2021-4-8
PCR反應(yīng)的特點(diǎn)是具有較大擴(kuò)增能力與*的靈敏性,但令人頭痛的問(wèn)題是易污染,極其微量的污染即可造成假陽(yáng)性的產(chǎn)生.
污染原因:
(一)標(biāo)本間交叉污染:標(biāo)本污染主要有收集標(biāo)本的容器被污染,或標(biāo)本放置時(shí),由于密封不嚴(yán)溢于容器外,或容器外粘有標(biāo)本而造成相互間交叉污染;標(biāo)本核酸模板在提取過(guò)程中,由于吸樣槍污染導(dǎo)致標(biāo)本間污染;有些微生物標(biāo)本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴(kuò)散,導(dǎo)致彼此間的污染.
(二)PCR試劑的污染:主要是由于在PCR試劑配制過(guò)程中,由于加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染.
(三)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染.這是PCR反應(yīng)中最主要的污染問(wèn)題.因?yàn)镻CR產(chǎn)物拷貝量大(一般為1013拷貝/ml),遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于PCR檢測(cè)數(shù)個(gè)拷貝的極限,所以極微量的PCR產(chǎn)物污染,就可造成假陽(yáng)就可形成假陽(yáng)性.
還有一種容易忽視,最可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染;在空氣與液體面摩擦?xí)r就可形成氣溶膠,在操作時(shí)比較劇烈地?fù)u動(dòng)反應(yīng)管,開(kāi)蓋時(shí)、吸樣時(shí)及污染進(jìn)樣槍的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染.據(jù)計(jì)算一個(gè)氣溶膠顆??珊?8000拷貝,因而由其造成的污染是一個(gè)值得特別重視的問(wèn)題.
(四)實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染:在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室及某些用克隆質(zhì)粒做陽(yáng)性對(duì)照的檢驗(yàn)室,這個(gè)問(wèn)題也比較常見(jiàn).因?yàn)榭寺≠|(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當(dāng)高,另外在純化過(guò)程中需用較多的用具及試劑,而且在活細(xì)胞內(nèi)的質(zhì)粒,由于活細(xì)胞的生長(zhǎng)繁殖的簡(jiǎn)便性及具有很強(qiáng)的生命力.其污染可能性也很大.
污染的監(jiān)測(cè):一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)室,要時(shí)刻注意污染的監(jiān)測(cè),考慮有無(wú)污染是什么原因造成的污染,以 便采取措施,防止和消除污染.
對(duì)照試驗(yàn):
1.陽(yáng)性對(duì)照:在建立PCR反應(yīng)實(shí)驗(yàn)室及一般的檢驗(yàn)單位都應(yīng)設(shè)有PCR陽(yáng)性對(duì)照,它是PCR 反應(yīng)是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個(gè)重要的參考標(biāo)志.陽(yáng)性 對(duì)照要選擇擴(kuò)增度中等、重復(fù)性好,經(jīng)各種鑒定是該產(chǎn)物的標(biāo)本,如以重組質(zhì)粒為陽(yáng) 性對(duì)照,其含量宜低不宜高(100個(gè)拷貝以下).但陽(yáng)性對(duì)照尤其是重組質(zhì)粒及高濃度陽(yáng) 性標(biāo)本,其對(duì)檢測(cè)或擴(kuò)增樣品污染的可能性很大.因而當(dāng)某一PCR試劑經(jīng)自己使用穩(wěn) 定,檢驗(yàn)人員心中有數(shù)時(shí),在以后的實(shí)驗(yàn)中可免設(shè)陽(yáng)性對(duì)照.
2.陰性對(duì)照:每次PCR實(shí)驗(yàn)務(wù)必做陰性對(duì)照.它包括①標(biāo)本對(duì)照:被檢的標(biāo)本是血清就用 鑒定后的正常血清作對(duì)照;被檢的標(biāo)本是組織細(xì)胞就用相應(yīng)的組織細(xì)胞作對(duì)照.②試劑 對(duì)照:在PCR試劑中不加模板DNA或RNA,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,以監(jiān)測(cè)試劑是否污染.
3.重復(fù)性試驗(yàn)
4.選擇不同區(qū)域的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增
防止污染的方法:
一. 污染的預(yù)防:
進(jìn)行PCR操作時(shí),操作人員應(yīng)該嚴(yán)格遵守一些操作規(guī)程,最da程度地降低可能出現(xiàn)的PCR污染或杜絕污染的出現(xiàn)。
(一)劃分操作區(qū):目前,普通PCR尚不能做到單人單管,實(shí)現(xiàn)*閉管操作,但無(wú)論是否能夠達(dá)到單人單管,均要求實(shí)驗(yàn)操作在三個(gè)不同的區(qū)域內(nèi)進(jìn)行,PCR的前處理和后處理要在不同的隔離區(qū)內(nèi)進(jìn)行:
1. 標(biāo)本處理區(qū),包括擴(kuò)增摸板的制備;
2. PCR擴(kuò)增區(qū),包括反應(yīng)液的配制和PCR擴(kuò)增;
3. 產(chǎn)物分析區(qū),凝膠電泳分析,產(chǎn)物拍照及重組克隆的制備。
各工作區(qū)要有一定的隔離,操作器材zhuan用,要有一定的方向性。如:標(biāo)本制備→PCR擴(kuò)增→產(chǎn)物分析→產(chǎn)物處理。
切記:產(chǎn)物分析區(qū)的產(chǎn)物及器材不要拿到其他兩個(gè)工作區(qū)。
(二)分裝試劑:PCR擴(kuò)增所需要的試劑均應(yīng)在裝有紫外燈的超凈工作臺(tái)或負(fù)壓工作臺(tái)配制和分裝。所有的加樣器和吸頭需固定放于其中,不能用來(lái)吸取擴(kuò)增后的DNA和其他來(lái)源的DNA:
1. PCR用水應(yīng)為高壓的雙蒸水;
2. 引物和dNTP用高壓的雙蒸水在無(wú)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物區(qū)配制;
3. 引物和dNTP應(yīng)分裝儲(chǔ)存,分裝時(shí)應(yīng)標(biāo)明時(shí)間,以備發(fā)生污染時(shí)查找原因。