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一種高通量RNA結(jié)構(gòu)測定方法
點(diǎn)擊次數(shù):2717 發(fā)布時間:2010-12-29
一種高通量RNA結(jié)構(gòu)測定方法
《自然—方法學(xué)》近日刊文,描述了一種高通量RNA結(jié)構(gòu)測定方法——“片段化測序”法(Fragmentation sequencing ,F(xiàn)ragSeq)。
RNA對基因表達(dá)和基因組穩(wěn)定性的調(diào)控作用成為近來研究的熱點(diǎn),而弄清RNA二級結(jié)構(gòu)是理解RNA功能的*個必要步驟。測定非編碼RNA結(jié)構(gòu)的經(jīng)典方法是化學(xué)法和酶法,但是它們一次只能測定一個RNA分子,這種方法不僅費(fèi)力而且對技術(shù)要求高。FragSeq法卻可以在整個轉(zhuǎn)錄組水平同時對大量RNA進(jìn)行結(jié)構(gòu)測定。
該研究利用核酸酶P1將小鼠RNA進(jìn)行片段化,得到20–100-nt 大小片段;之后在片段的5"-PO4和3"-OH端分別加上接頭,通過逆轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增之后,構(gòu)建FragSeq文庫并對其進(jìn)行深測序。為了保證文庫片段均是由核酸酶P1剪切產(chǎn)生,薩拉馬等設(shè)置了兩個對照組:一組RNA不使用核酸酶P1處理來估算由內(nèi)源降解產(chǎn)生5"-PO4基團(tuán)的片段數(shù),另一組則多加了T4連接酶處理RNA,以此來計算不產(chǎn)生5"-PO4基團(tuán)的片段數(shù)。通過凝膠電泳分離出目標(biāo)片段。zui后薩拉馬等利用一種軟件,可以將大量測序結(jié)果格式化,使其能夠被一種RNA預(yù)測軟件讀取,進(jìn)而預(yù)測出RNA二級結(jié)構(gòu)。
相關(guān)研究由美國加州大學(xué)圣克魯茲分?;羧A德·休斯醫(yī)學(xué)研究院教授索菲·薩拉馬(Sofie Salama)所領(lǐng)導(dǎo)的課題組完成。