基因組DNA提取試劑盒簡(jiǎn)介:
DNA是遺傳信息的載體,是重要的生物信息分子,是分子生物
學(xué)研究的主要對(duì)象,為了進(jìn)行測(cè)序、雜交、基因表達(dá)、文庫(kù)構(gòu)建
等試驗(yàn),獲得高分子量和高純度的基因組DNA是非常重要的前
提,因此基因組DNA的提取也是分子生物學(xué)試驗(yàn)技術(shù)中重要、
基本的操作之一。
Solarbio公司提供各種不同樣品基因組DNA提取試劑盒,如植物、
動(dòng)物、細(xì)菌、細(xì)胞、血液、酵母等基因組DNA提取試劑盒。所提
取的基因組純度高,片段大小在50kb左右。用戶(hù)可根據(jù)需要選用
不同的試劑盒來(lái)進(jìn)行不同樣品的抽提。
一、基因組DNA提取的原則:
1、保證核酸一級(jí)結(jié)構(gòu)的完整性(因?yàn)檫z傳信息全部?jī)?chǔ)存在核酸一級(jí)
結(jié)構(gòu)中,故完整的一級(jí)結(jié)構(gòu)是保證核酸結(jié)構(gòu)與功能研究的基礎(chǔ))。
2、排除其它分子(如蛋白質(zhì)、多糖、脂類(lèi)、有機(jī)溶劑等)的污染,
使下游試驗(yàn)順利進(jìn)行。
二、基因組DNA提取的原理和方法:
DNA與組蛋白構(gòu)成核小體,核小體纏繞成中空的螺旋管狀結(jié)構(gòu),
即染色絲,染色絲再與許多非組蛋白形成染色體。染色體存在于
細(xì)胞核中,外有核膜及胞膜。從組織中提取DNA必須先將組織分
散成單個(gè)細(xì)胞,然后破碎胞膜及核膜,使染色體釋放出來(lái),同時(shí)
去除與DNA結(jié)合的組蛋白及非組蛋白。
1、樣品預(yù)處理
從各種不同來(lái)源的樣品(如細(xì)菌、酵母、血液、動(dòng)植物組織細(xì)胞等)
中提取高純度的基因組DNA,因細(xì)胞結(jié)構(gòu)及其成分不同,樣品預(yù)處
理方式也不同,以下簡(jiǎn)單介紹常用提取材料的預(yù)處理方式,若需詳
細(xì)了解,請(qǐng)參考本公司各基因組DNA提取試劑盒說(shuō)明書(shū)。
部分樣品預(yù)處理方式:
植物材料 液氮研磨
動(dòng)物材料 勻漿、液氮研磨
培養(yǎng)細(xì)胞 蛋白酶K處理
細(xì)菌 溶菌酶破壁
酵母 破壁酶破壁、玻璃珠研磨
血液 紅細(xì)胞裂解液去紅細(xì)胞
2、細(xì)胞裂解
CTAB法:適用于植物組織、真菌等。
CTAB是一種陽(yáng)離子去污劑,可溶解細(xì)胞膜,并與核酸形成復(fù)合
物。該復(fù)合物在高鹽溶液中(>0.7M NaCl)是可溶的,通過(guò)有機(jī)溶
劑抽提,去除蛋白、多糖、多酚等雜質(zhì)后加入乙醇沉淀即可使核
酸分離出來(lái)。
SDS法:適用于細(xì)菌、血液、酵母、動(dòng)物組織、細(xì)胞等。
SDS是一種陰離子去污劑,可溶解細(xì)胞膜,裂解細(xì)胞,使蛋白質(zhì)
變性、染色體解體。
其它裂解方法:
物理方式:機(jī)械剪切、超聲波破碎、研磨勻漿等
化學(xué)方式:異硫氰酸胍、堿裂解等
酶法:蛋白酶K
3、DNA分離純化
純化要求:核酸樣品中不應(yīng)存在對(duì)酶(如核酸內(nèi)切酶、DNA聚合酶
等)有抑制作用的成分。其它生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖、多酚和
脂類(lèi)分子等污染應(yīng)降低到低程度。排除其它核酸分子的污染,
如提DNA時(shí)應(yīng)去除RNA,反之亦然。
純化方法:細(xì)胞破碎后,常使用吸附材料結(jié)合方法去除雜質(zhì)和純
化DNA,主要有硅基質(zhì)材料、陰離子交換樹(shù)脂和磁珠等。因硅基
質(zhì)材料可特異吸附核酸DNA,使用方便、快捷,不需要使用有毒
溶劑如酚、氯仿等,使得提取基因組像過(guò)濾一樣簡(jiǎn)單,因此硅基
質(zhì)材料成為大規(guī)模分離純化DNA的通用方法。
硅基質(zhì)材料吸附核酸的原理:主要利用DNA在高鹽低pH值環(huán)境下
與硅基質(zhì)材料相結(jié)合,在低鹽高pH值環(huán)境下與硅基質(zhì)材料脫離的
特征。其機(jī)理可能是高濃度鹽離子破壞了硅基質(zhì)水分子結(jié)構(gòu),形
成陽(yáng)離子橋,當(dāng)鹽被清除后,再水化的硅石破壞了基質(zhì)和DNA之
間的吸引力,因而DNA從硅基質(zhì)上被洗脫下來(lái)。
注意事項(xiàng):盡量簡(jiǎn)化操作步驟,縮短提取過(guò)程,以減少各種有害
因素對(duì)核酸的破壞。
減少化學(xué)物質(zhì)對(duì)DNA的降解,為避免過(guò)酸、過(guò)堿對(duì)DNA雙鏈中磷
酸二酯鍵的破壞,操作多在pH值4.0-10.0的條件下進(jìn)行。
防止基因組DNA的生物降解,主要是DNase降解基因組DNA,
DNase需二價(jià)金屬陽(yáng)離子如Mg2+等的激活,可用EDTA等金屬離
子螯和劑螯和Mg2+以抑制DNase的活性。
減少物理因素對(duì)DNA的降解,物理降解因素主要包括機(jī)械剪切力
(如劇烈振蕩、攪拌等),細(xì)胞突然置于低滲液中導(dǎo)致的細(xì)胞爆炸式
破裂,DNase大量釋放,樣品反復(fù)凍融和高溫等。
4、DNA洗脫收集
DNA的洗脫效率取決于以下重要因素:
洗脫液成分:采用硅基質(zhì)膜吸附的DNA,可將DNA在低鹽高pH
值條件下洗脫下來(lái)。pH值在7.0-8.5之間洗脫效率較高,pH值低
于7.0則洗脫效率很低。一般基因組提取試劑盒中的洗脫緩沖液就
是TE(pH8.0),既為DNA從硅基質(zhì)膜上洗脫下來(lái)提供良好的pH環(huán)
境,其中的EDTA又能保證DNA不被DNase降解,同時(shí)由于EDTA
濃度非常低,對(duì)核酸內(nèi)切酶、DNA聚合酶的影響非常微弱,不影
響后續(xù)實(shí)驗(yàn),可放心使用。
洗脫液體積:當(dāng)洗脫液體積小于30ul時(shí),洗脫效率很低且不穩(wěn)
定;當(dāng)洗脫液體積在50-200ul時(shí),洗脫效率穩(wěn)定在80-90﹪,并
可保證得到大產(chǎn)量,因此洗脫液體積不能小于30ul。
加洗脫液部位:100-200ul洗脫液能*覆蓋硅基質(zhì)膜,DNA的
洗脫量可得到保證,但當(dāng)洗脫液體積較少如30-50ul時(shí),須在硅基
質(zhì)膜中間部分懸空滴加洗脫液,以確保少量的洗脫液能*覆蓋
硅膠膜。
洗脫液的溫度:在加洗脫液之前,先將洗脫液在60-75℃水浴中
預(yù)熱10分鐘,可有效提高DNA的洗脫效率。
洗脫時(shí)間和次數(shù):加入預(yù)熱的洗脫液后,可在室溫放置2-5分鐘使
DNA*溶解在洗脫液里通過(guò)離心而洗脫下來(lái)。同時(shí)可進(jìn)行二次或
三次洗脫,即將前次洗脫下來(lái)的洗脫液再上柱、離心,使前次沒(méi)有
洗脫下來(lái)的DNA再次溶解在洗脫液里,從而提高DNA的產(chǎn)量。
5、DNA的定量及檢測(cè)
提取得到的DNA片段需從分子質(zhì)量、濃度、純度等方面進(jìn)行檢
測(cè),從而判斷DNA質(zhì)量。
用瓊脂糖凝膠電泳分析DNA分子質(zhì)量:得到的基因組DNA片段的
大小與樣品保存時(shí)間、操作過(guò)程中的剪切力等因素有關(guān)。Solarbio
公司的基因組DNA提取試劑盒提取的不同材料基因組DNA片段大
小一般在50kb左右,能很好地滿(mǎn)足后續(xù)試驗(yàn)的要求。
通常用瓊脂糖凝膠電泳分析DNA分子質(zhì)量時(shí),以溴酚藍(lán)為示蹤染
料,EB染色,紫外觀(guān)察,并與DNA分子量標(biāo)準(zhǔn)對(duì)照即可判斷所提
DNA的平均分子量。高質(zhì)量的基因組DNA應(yīng)顯示為單一條帶,如
DNA降解則表現(xiàn)為彌散條帶。
用紫外分光光度計(jì)檢測(cè)DNA濃度和純度:
濃度測(cè)定:DNA在OD260處有顯著吸收峰,OD260值為1相當(dāng)于大約
50ug/ml雙鏈DNA。
以下簡(jiǎn)單介紹OD260的測(cè)定方法:
所提基因組DNA樣品=100ul
進(jìn)行OD260值測(cè)定的待測(cè)樣品=20ul所提基因組DNA樣品+180ul
TE=200ul
DNA稀釋倍數(shù)=200ul/20ul=10倍
如200ul待測(cè)樣品OD260值=0.2
待測(cè)樣品濃度(即100ul基因組DNA樣品濃度)=50ug/ml×OD260值
×稀釋倍數(shù)=100 ug/ml
所提100ul基因組DNA樣品總量=100 ug/ml×100ul=10ug DNA
純度測(cè)定:一般用OD260/OD280值檢測(cè)DNA樣品的純度。正常
OD260/OD280值約為1.7-1.9,說(shuō)明DNA純度較好;若OD260/OD280
值小于1.7,說(shuō)明可能有蛋白污染;若OD260/OD280值大于2.0,說(shuō)
明可能有RNA污染或DNA已經(jīng)降解。
注:因?yàn)閜H值和離子會(huì)影響光吸收值,因此洗脫時(shí)如不使用洗脫
緩沖液,而使用去離子水,OD260/OD280值會(huì)偏低,但并不表示純
度低。
6、DNA的儲(chǔ)存
儲(chǔ)存溶液:DNA為兩性解離分子,在堿性條件下較穩(wěn)定,因此一
般用TE(pH8.0)保存。TE的成分為:10 mM Tris-HCl(Tris與鹽酸
形成強(qiáng)的緩沖對(duì));1 mM EDTA(乙二胺四乙酸,能螯合二價(jià)金屬
陽(yáng)離子,抑制DNase的活性);pH8.0(堿性條件可減少DNA的脫氨
作用,防止降解)。ddH2O的正常pH值為7.0,可作為DNA的儲(chǔ)存
液,但有些實(shí)驗(yàn)室制備的ddH2O呈酸性(pH值小于7.0),這不僅影
響DNA的洗脫效率,而且導(dǎo)致長(zhǎng)時(shí)間保存的DNA容易發(fā)生降解。
因此建議用TE作為DNA的長(zhǎng)期儲(chǔ)存液。
儲(chǔ)存條件:為避免DNA降解,提取的DNA應(yīng)*行分裝,然后置
于-20℃或-70℃保存,同時(shí)注意避免反復(fù)凍融造成DNA降解。
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