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技術文章
圖解blast驗證引物教程
點擊次數(shù)：6881 發(fā)布時間：2012-6-10
http://www.genecool.com/?fromuser=%E6%9D%A8%E5%BB%BA%E8%BE%89
圖解blast驗證引物教程
——以文獻報道的人類的ABCG2的引物為例
1、 進入網(wǎng)頁：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2、 點擊Basic BLAST中的nucleotide blast選項
3、 完成2操作后就進入了Basic Local Alignment Search Tool界面
（1）在Enter Query Sequence欄中輸入引物序列：
注：文獻報道ABCG2的引物為5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;
5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’
簡便的做法是同時輸入上下游引物。輸入上下游引物系列都從5’— 3’。 輸入上游引物后，加上≥20個字母n，再輸入下游引物，如下圖：
（2）在Choose Search Set欄中：
Database根據(jù)預操作基因的種屬定了，本引物可選Human genomic + transcript或Others （nr etc.）。本人傾向于選后者，覺得此庫信息更多。如下圖：
（3）在Program Selection中：選擇Somewhat similar sequences （blastn）項，如下圖：
（4）在此界面zui下面：如下圖
Show results in a new window項是顯示界面的形式，可選可不選，在此我們選上了。關鍵要點擊Algorithm parameters參數(shù)設置，進入?yún)?shù)設置界面。
4. 參數(shù)設置：
（1）在General Parameters中：Expect thresshold期望閾值須改為1000，大于1000也可以；在Word size的下拉框將數(shù)字改為7。如下圖：
（2）Scoring Parameters無須修改
（3）Filters and Masking中，一般來說也沒有必要改
5．點擊zui下面一欄的BLAST按鈕，如圖：
6.點擊BLAST按鈕后，跳轉出現(xiàn)如下界面：
7. 等待若干秒之后，自動跳轉出現(xiàn)顯示BLAST結果的網(wǎng)頁。該網(wǎng)頁用三種形式來顯示blast的結果。
（1）圖形格式：