泵，對于液相色譜來說就像人體的心臟一樣，是液相色譜的核心部件。泵分為：單元泵，二元泵和四元泵。

單元泵包括一個泵組件和一個阻尼器。泵組件含有兩個大部分相同的活塞泵單元。兩個泵單元均由一個滾珠絲杠驅動器和一個帶有一個藍寶石活塞的泵頭組成，藍寶石活塞在里面作往復運動。用一個伺服-控制可變磁阻電機從兩個相反的方向來驅動兩個滾珠絲杠驅動器。滾珠絲杠驅動器的齒輪有不同的周長（比例為2:1），使第一個活塞運動速度為第二個活塞的兩倍。溶劑從泵頭的最底部進入，從泵頭的頂部離開。活塞的外徑比泵腔的內徑要小一些，這樣可以讓溶劑充滿二者之間的間隙。根據(jù)流速的不同，第一個活塞的沖程體積為20-100 μL之間。微處理器可以控制所有流速在1μL-10 mL/min范圍內。液體從流動相瓶流到入口主動閥，第一個泵單元的入口和入口主動閥相連，該入口主動閥的啟閉受處理器的控制，從而允許溶劑被吸入到第一個活塞泵單元。

二元泵包含兩個相同的泵，這兩個泵集成在一個腔體內，它通過高壓混合來產生梯度。每個通道由一個泵組件組成，包括泵驅動器、泵頭、帶有可更換濾芯的主動輸入閥和輸出閥。兩個通道在一個低容積混合腔中連接，混合腔通過毛細管連接到緩沖單元（阻尼器）和混合器上。帶有 PTFE 過濾芯的沖洗閥裝在泵的出口處，便于向泵頭灌注流體。

四元泵包括一個真空脫氣機和一個四通道梯度泵。四通道的梯度泵包括一個高速配量閥(也稱為：多通道梯度閥，英文為MCGV)和一個泵組件。在使用四元泵是需要注意的是：當鹽溶液和有機溶劑混合時，鹽溶液可能與有機溶劑完全混溶，而不會出現(xiàn)沉淀。但是在梯度閥的混合點、在兩種溶劑的邊界處，可能出現(xiàn)微量沉淀。重力作用使鹽顆粒沉淀下來。通常，閥的A通道用于含水/鹽溶液，而泵的B通道用于有機溶劑。如果使用的是這樣的配置，鹽將落回到鹽溶液中并被溶解。當泵使用的不同配置（例如，D -鹽溶液，A -有機溶劑）時，鹽可能會落到有機溶劑的端口中，從而導致性能問題。