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五月恒遠為您詳談關于免疫沉淀小技巧的那些事兒
閱讀:1897 發(fā)布時間:2018-5-22 非內源性蛋白的相互作用, 主要是通過過表達來實現(xiàn),通常為簡化實驗、提高 IP 效率會讓外源蛋白帶上標簽。因此,就 tag 的使用而言存在很多小技巧。
1、 His-tagged主要用于純化蛋白。有些人喜歡用His-tagged蛋白然后進行coIP,實際上它存在潛在的隱患。因為很多蛋白會有富含histidine的domain,恰恰是因為效價非常好,所以很多內源性的蛋白都被該抗體識別。同理,如果用Ni-NTA beads去PD(pull down) His-tagged的蛋白,*有可能 PD 那些內源性的富含histidine domain的蛋白,造成coIP的假象,而這樣的蛋白還非常多。
2、tandem-tagged不能用于分析鈣調信號通路。tandem tag實際上從成本角度和His tag差不多,洗脫試劑價格低廉,因此可用于大規(guī)模PD之后的質譜分析,能獲取zui全面的相互作用的信息。然而由于其中包含鈣調蛋白相互作用domain,天然會結合鈣信號相關蛋白,從而干擾或掩蓋靶蛋白與鈣信號蛋白之間的相互作用,有一定的應用局限。
3、Myc、HA、Flag-tagged: Myc仍然會有天然的干擾,應用略有局限;相較后兩者是人工合成專門用于tagged蛋白,因此干擾zui小、zui常用。如需進一步細致區(qū)分,a-Flag效價比a-HA略高,因此更適合IP。
4、tag的位置。將tag構建到蛋白的 N 端還是C端,也是一個潛在的能夠影響coIP結果的因素。比如,分泌蛋白的N端通常有分泌信號肽,如果將tag構建 到N端,則外泌時會被信號肽酶連同信號肽一起切除;所以這時必須構建在C端。再如,多數(shù)蛋白的 C 端是疏水區(qū),有的時候將 tag 構建在 C 端會影響蛋白原來的空間結構,如恰好 C 端同時是相互作用的結構域,某些時候還可能被遮 蔽,從而干擾相互作用。因此,通常構建質粒的時候是 N 端、C 端 tagged 同時分別構建,以備萬一。
5、 IP 外源 tagged-A 蛋白,洗脫盡量用相應的 多肽,一方面提高特異性,另 一方面由于洗脫條件溫和,重鏈和輕鏈脫落也會較少; 在 IP 前, 尤其對于新 Flag、 HA beads 可以用 washing buffer 或者低 pH Glycine-HCl 漂洗一下 beads, 把結合不牢的重鏈和輕鏈先洗掉。此外,F(xiàn)lag、HA-beads 通常是鼠抗,那么 IB B 蛋白的抗體應該選用兔抗。
6、 IP 內源性蛋白,尤其zui后涉及低 pH Glycine-HCl 洗脫或者 SDS LB 煮 beads (后者重、輕鏈更嚴重),如 B 蛋白為 60KDa 即能與 55KDa 重鏈分開時,且抗體效價許可的前提下,降低抗體投入量會顯著減弱重、輕鏈信號,從而不會使得 B 蛋白信號不致被重鏈信號吞沒; 若有條件再配合交錯抗體種屬來源, 即 IP A 蛋白的抗體為兔抗,IB B 蛋白用兔抗以外任何一種諸如鼠抗、羊抗;反之亦然。
7、即使交錯抗體的種屬,實際上當重輕鏈脫落過多時(尤其是重鏈),在 IP 的時候它符合《WB 實戰(zhàn)指南》提到的雜蛋白過濃會非特異結合任意抗體,這在 coIP 的實驗結果分析中要格外小心。有人會說可以用未免疫的 IgG 做陰性對照,但 是偶爾會發(fā)生一些未知意外,恰好 IgG 的重鏈沒有顯影(畢竟這不是抗原抗體 特異性結合)。
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