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迪圖(上海)生物科技有限公司
中級會(huì)員 | 第22年

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電動(dòng)移液器對PCR準(zhǔn)確度的影響

時(shí)間:2023/6/12閱讀:724
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摘要
定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)分析具有高靈敏度,這是其成功并廣泛應(yīng)用于科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的最重要原因之一。然而,包括移液技術(shù)在內(nèi)的許多因素都會(huì)對qPCR分析的結(jié)果產(chǎn)生影響。PCR Master Mix 通常在qPCR準(zhǔn)備期間使用,但可能很難對其進(jìn)行準(zhǔn)確移液。在本研究中,我們測試了在qPCR中使用電動(dòng)移液器移取Master Mix。研究證明,使用電動(dòng)移液器搭配低吸附濾芯吸頭或標(biāo)準(zhǔn)濾芯吸頭對Master Mix移液,可獲得良好的精準(zhǔn)性,并能確保移液速度及結(jié)果的重現(xiàn)性。從而得出結(jié)論,在進(jìn)行基于PCR的分析時(shí),使用電動(dòng)移液器移取Master Mix確保得到可重復(fù)且可靠的結(jié)果。
 
 
引言
基于PCR的應(yīng)用已成為生物制藥工藝、臨床診斷和學(xué)術(shù)研究的關(guān)鍵手段。然而,在執(zhí)行定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)時(shí),實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可變性可能是個(gè)問題,移液誤差是需要重點(diǎn)關(guān)注的變化來源之一。在qPCR準(zhǔn)備階段,對Master Mix試劑進(jìn)行移液具有挑戰(zhàn)性。Master Mix通常由聚合酶、dNTP、MgCl2以及可能含吐溫和甘油成分的緩沖液組成。

本應(yīng)用說明的目的是測試在PCR分析應(yīng)用中使用電動(dòng)移液器移取Master Mix的可靠性。在定量PCR準(zhǔn)備階段,使用電動(dòng)移液器搭配低吸附濾芯吸頭來移取Master Mix,實(shí)驗(yàn)結(jié)果(定量循環(huán),Cq)由準(zhǔn)確度和精準(zhǔn)度(重現(xiàn)性)來進(jìn)行評價(jià)。

 
方法

移液器和移液器吸頭選擇
使用Picus®電動(dòng)移液器、Safetyspace低吸附濾芯吸頭和濾芯吸頭。Picus®使用多次分液模式。移取Master Mix時(shí),將電動(dòng)移液器速度參數(shù)設(shè)置為1。

qPCR準(zhǔn)備
qPCR準(zhǔn)備階段使用Picus®電動(dòng)移液器、Safetyspace濾芯吸頭及低吸附濾芯吸頭。Lo-Bind EP管用于DNA樣品制備及Master Mix的制備。制備用于所有測試的PCR Master Mix儲(chǔ)備液使用了MaximaSYBR Green qPCR Master Mix(不含ROX)、大腸桿菌uidA基因引物以及無核酸酶水。

用移液器將八個(gè) 15μL 的Master Mix重復(fù)樣品移取至PCR板孔中,用于各種測試條件。無模板對照(NTC)樣品不含大腸桿菌基因組DNA,并加入 5μL 無核酸酶水。用類似方法移取 5μL 含有1×106、1×105、1×104、1×103 以及1×102 個(gè)拷貝丨反應(yīng)大腸桿菌gDNA的系列稀釋標(biāo)準(zhǔn)品。

在每個(gè)測試孔中有 5μL 含有1×103 個(gè)拷貝丨反應(yīng)的大腸桿菌gDNA。使用Picus® 電動(dòng)移液器的多次分液功能及低吸附濾芯吸頭以相同的方式將所有DNA樣本添加到PCR管中。使用LightCycler®480 qPCR儀進(jìn)行qPCR。循環(huán)參數(shù)如下:在 95°C下預(yù)培養(yǎng) 10 分鐘,隨后在 95°C 10 秒、55°C 10 秒、75°C 15 秒,75°C延伸 10 秒,40 次循環(huán)。

對標(biāo)準(zhǔn)品、對照品和樣品中的SYBR綠色熒光激發(fā)進(jìn)行定量。使用LightCycler® 480軟件確定定量循環(huán)(Cq)值和實(shí)際拷貝數(shù),并使用MS Excel分析結(jié)果。

數(shù)據(jù)分析
Cq值的百分比系統(tǒng)誤差(%S)反映了處理Master Mix的儀器系統(tǒng)(移液器和吸頭系統(tǒng))Cq值的誤差。移液過程中的隨機(jī)誤差是結(jié)果精準(zhǔn)度的測量,反映了實(shí)驗(yàn)中重復(fù)樣品之間的差異。Cq值的百分比隨機(jī)誤差(%R)反映了結(jié)果的重現(xiàn)性,并且可能受到實(shí)驗(yàn)人員移液操作的影響。

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