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PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的鑒定

2016-8-3  閱讀(3674)

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實(shí)驗(yàn)原理

 

生物大分子如蛋白質(zhì)、核酸、多糖等常以顆粒分散在溶液中.它們的凈電荷取決于介質(zhì)的H 濃度或與其他大分子的相互作用。在電場(chǎng)中,帶電顆粒向陰極或陽極遷移.遷移的方向取決于它們帶電的符號(hào).這種遷移現(xiàn)象即謂電泳。遷移的方式目前可以根據(jù)分子尺寸大小、分子所帶的電荷或分子的生物學(xué)與化學(xué)特性分為三類。如果把生物大分子的膠體溶液放在一個(gè)沒有干擾的電場(chǎng)中,使顆粒具有一定遷移速率的驅(qū)動(dòng)力來自于顆粒的有效電荷Q和電位梯度E。它們與介質(zhì)的摩擦阻力f抗衡:在自由溶液中,這種抗衡服從斯托克斯定律。f=6πrvη 這里v是在介質(zhì)粘度為η半徑為r的顆粒的移動(dòng)速度。但在凝膠中,這種抗衡并不*符合斯托克斯定律。f還取決于介質(zhì)小的其他因子,如凝膠厚度、顆粒尺寸、甚至介質(zhì)的內(nèi)滲率等。簡(jiǎn)言之電泳就是帶電顆粒在電場(chǎng)中定向移動(dòng)。
銀染顯色的原理是用甲醛將沉積在DNA帶上的銀離子(硝酸銀)還原成金屬銀而顯帶。

 

實(shí)驗(yàn)試劑

 

1. 聚丙烯酰胺(C=30% T=5%):丙烯酰胺 28.5g 、 N,N’-二甲基雙丙烯酰胺 1.5g、DDH2O 100ml;

2. 7%聚丙烯酰胺:30%聚丙烯酰胺 23.3ml、10ml 10×TBE溶液、66.7ml DDH2O;

3. 10×TBE溶液:Tris 113g 、硼酸 55g、 1000ml DDH2O;

4. 1×TBE溶液:10×TBE溶液100ml,900ml DDH2O;

5. 10%乙醇;

6. 0.1%硝酸;

7. 0.2%AgNO3

8. AgNO3 0.15g、DH2O 225ml;

9. 30%NaCO3-甲醛:NaCO3 30g、甲醛 0.85ml;

10. 0.1% AgNO3:AgNO3 1g、1000ml DH2O;

11. 上樣緩沖液:0.25%二甲苯氰藍(lán)、0.25%溴酚藍(lán);

12. TEMED;

13. 10%過硫酸胺:過硫酸胺1g、10ml DDH2O。

 

實(shí)驗(yàn)設(shè)備

 

1. 垂直電泳儀

2. 垂直電泳槽

3. 玻璃

4. 橡膠模框

5. 點(diǎn)樣梳

6. 搖床

7. 微量進(jìn)樣器

8. 染色托盤

 

實(shí)驗(yàn)材料

 

PCR擴(kuò)增產(chǎn)物

 

實(shí)驗(yàn)步驟

 

1. 電泳槽玻璃板的處理:用洗滌劑清洗玻璃板,自來水反復(fù)沖凈洗滌劑,雙蒸水沖洗3次,烘干,將兩塊玻璃裝入恰當(dāng)?shù)孪鹉z??騼?nèi),并組裝好電泳槽(帶長(zhǎng)玻璃的貯液槽為正極,帶短玻璃的貯液槽為陰極)。
2. 制膠:加 35μl TEMED和300μl2.5%過硫酸胺至7%聚丙烯酰胺溶液中混勻。以60O角,緩慢注入兩玻璃板間的空隙中,直至灌滿模具頂部。立即插入相應(yīng)的點(diǎn)樣梳,(小心勿使梳齒下帶進(jìn)氣泡,并且不要將梳齒全部插入膠內(nèi),留約2mm梳齒于玻璃板上端,以免拔梳時(shí)把膠孔拔斷)。由于凝膠在聚合過程中有回縮,所以應(yīng)小心添加些膠液于梳子處,水平放置,室溫聚合1小時(shí)。向電泳槽內(nèi)灌入 1×TBE電泳緩沖液。小心取出點(diǎn)樣梳,用槽內(nèi)的緩沖液反復(fù)沖洗點(diǎn)樣孔,以去除可能存在的未聚合的聚丙烯酸胺和氣泡。
3. 加樣:取2-4μl擴(kuò)增產(chǎn)物和2μl上樣緩沖液混勻,用微量進(jìn)樣器小心加入樣品槽中。若DNA含量偏低,則可適當(dāng)增加上樣量,但總體積不可超過樣品槽容量。
4. 電泳:電泳槽接上電極開啟電源,根據(jù)擴(kuò)增片段的大小及電泳槽和凝膠的大小,決定電泳的電壓及電泳時(shí)間。通常室溫下以l~5V/cm電泳。當(dāng)溴酚藍(lán)條帶移動(dòng)到距凝膠前沿約2cm時(shí),停止電泳。
5. 銀染法顯色:
   1) 方法一:

      a. 將PAG板浸入10%乙醇溶液固定10min,用純水洗一次;
      b. 0.1%硝酸3min,蒸餾水洗兩次。
      c. 0.2% AgNO3溶液中10min,用去離子水洗三次;
      d. 用30% NaCO3-甲醛溶液顯色至滿意為止,用適量10%冰乙酸終止顯色。
   2) 方法二:

      a. 取下凝膠,蒸餾水清洗凝膠30秒;

      b. 0.1% 硝酸銀染色10分鐘;

      c. 棄去染色液,蒸餾水洗膠兩次;

      d. 顯色液(顯色液配方:10g NaOH 0.2g Na2CO2ml甲醛溶液,定溶到 500ml)顯色至滿意為止。
6. 分型:參照基因階梯的電泳譜帶進(jìn)行分型。

 

注意事項(xiàng)

 

1. 每加完一個(gè)樣品要清洗微量進(jìn)樣器,以防止互相污染,注意上樣時(shí)要小心操作,避免損壞凝膠或?qū)悠凡鄣撞磕z刺穿。
2. 以二甲苯氰藍(lán)和溴酚藍(lán)的位置大致判斷泳動(dòng)距離,7%聚丙烯酰胺非變性膠中溴酚藍(lán)相當(dāng)于170bp的泳動(dòng)距離,二甲苯氰藍(lán)相當(dāng)于40bp的泳動(dòng)距離。
3. 銀染時(shí)顯色液配制好在4-10 ℃預(yù)冷可以減輕膠板的底色,銀染后膠板在水中漂洗時(shí)間控制在10s以內(nèi)。

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