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染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)
染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)能真實(shí)、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白,是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的一種很好的方法。采用結(jié)合微陣列技術(shù)在染色體基因表達(dá)調(diào)控區(qū)域檢查染色體活性,是深入分析癌癥、心血管疾病以及*神經(jīng)系統(tǒng)紊亂等疾病的主要代謝通路的一種非常有效的工具。
染色質(zhì)免疫共沉淀CHIP:真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在,研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達(dá)機(jī)制的基本途徑。與傳統(tǒng)的EMSA技術(shù)相比,染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)(CHIP)能真實(shí)完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白,是目前研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的佳方法。
基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下以甲醛固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物,超聲將其隨機(jī)切斷為長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段,然后加入目的蛋白抗體,通過抗體沉淀靶蛋白-DNA復(fù)合物,通過洗脫的方法得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物,特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA的片段,通過對目的片斷的純化與檢測(PCR分析),從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。
該技術(shù)主要應(yīng)用于:1.組蛋白修飾研究 2.轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析 3.藥物開發(fā)研究 4.有絲分裂研究 5.DNA損傷與凋亡分析。
染色質(zhì)免疫共沉淀CHIP基本步驟:
1)甲醛處理細(xì)胞
2)收集細(xì)胞,超聲破碎
3)加入目的蛋白的抗體,與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合
4)加入ProteinA,結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物,沉淀
5)對沉淀下來的復(fù)合物進(jìn)行清洗,除去一些非特異性結(jié)合
6)洗脫,得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物
7)解交聯(lián),純化富集的DNA的片斷
8)PCR或基因芯片分析。
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