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單細胞全基因組擴增WGA技術PicoPLEX與MALBAC比較
閱讀:6272發(fā)布時間:2018-3-30
關鍵詞:單細胞全基因組擴增技術WGA,PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環(huán)擴增,MALBAC Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles (多次退火環(huán)狀循環(huán)擴增技術)
PicoPLEX與MALBAC的區(qū)別
申請情況
Rubicon : US8206913 Filed Date : Mar 3, 2010
MALBAC : WO2012/166425 International filing date : 22 May, 2012
主要區(qū)別
(1)MALBAC的細胞裂解時間更長。
MALBAC:30 min
PicoPLEX:15 min
(2)引物設計不同,PicoPLEX的結果更準確、重復性更高,更適合用于染色體異倍性分析和拷貝數變異分析。
MALBAC和PicoPLEX技術介紹
MALBAC 多次退火環(huán)狀循環(huán)擴增技術
PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環(huán)擴增+PCR
MALBAC:Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles (多次退火環(huán)狀循環(huán)擴增技術)是一種擬線性全基因組擴增方法。與傳統(tǒng)的非線性或指數型DNA擴增方法不同(在每個循環(huán)中,復制的DNA可以作為后續(xù)循環(huán)的模板),MALBAC利用特殊的引物使擴增子具有互補末端并因此循環(huán),防止DNA被指數復制。這導致僅擴增原始基因組DNA,并因此降低擴增偏倚。
PicoPLEX單細胞全基因組擴增WGA技術是一種特殊隨機引物起始的熱循環(huán)擴增+PCR的全基因組擴增方法。PicoPLEX相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎的單細胞全基因組擴增技術,操作簡單快速。PicoPLEX全基因組擴增技術具有高穩(wěn)定性和可再現性,已經成為PGS的標準擴增技術。這一技術也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。
PicoPLEX 技術流程:
包括文庫構建和文庫擴增兩個步驟。文庫構建(預擴增)階段,設計的特殊引物能消除引物之間的雜交,從而提高引物和模板的配對效率。利用特殊隨機引物(Quasi-random primer)引發(fā)線性擴增進行全基因組擴增。特別設計的隨機引物(參見US patent 8,206,913)能減少引物二聚體的形成,從而提高引物和模板的配對效率。
分兩次擴增。*次擴增,特殊隨機引物與基因組DNA結合,形成莖環(huán)形結構文庫,第二次擴增,只有莖環(huán)形結構的文庫被擴增。
PicoPLEX產品引用文獻
PicoPLEX WGA kit采用PicoPLEX技術,設計、優(yōu)化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。
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3.Vasculogenic mimicry in small cell lung cancer
4.Williamson et al. 2016 Nature Communications
5.Mouse model of chromosome mosaicism reveals lineage-specific depletion of aneuploid cells and normal developmental potential
6. Bolton et al. 2015 Nature Communications
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8.Wang et al. Biol Reprod. 2014 Jun 25. pii: biolreprod.114.120576. DOI:10.1095/biolreprod.114.120576.
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