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單細胞全基因組擴增WGA技術(shù)PicoPLEX與MALBAC比較
閱讀：6857發(fā)布時間：2018-3-30
關(guān)鍵詞：單細胞全基因組擴增技術(shù)WGA，PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環(huán)擴增，MALBAC Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環(huán)狀循環(huán)擴增技術(shù)）
PicoPLEX與MALBAC的區(qū)別
申請情況
Rubicon : US8206913 Filed Date : Mar 3, 2010
MALBAC : WO2012/166425 International filing date : 22 May, 2012
主要區(qū)別
（1）MALBAC的細胞裂解時間更長。
MALBAC：30 min
PicoPLEX：15 min
（2）引物設(shè)計不同，PicoPLEX的結(jié)果更準確、重復(fù)性更高，更適合用于染色體異倍性分析和拷貝數(shù)變異分析。
MALBAC和PicoPLEX技術(shù)介紹
MALBAC 多次退火環(huán)狀循環(huán)擴增技術(shù)
PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環(huán)擴增+PCR
MALBAC：Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環(huán)狀循環(huán)擴增技術(shù)）是一種擬線性全基因組擴增方法。與傳統(tǒng)的非線性或指數(shù)型DNA擴增方法不同（在每個循環(huán)中，復(fù)制的DNA可以作為后續(xù)循環(huán)的模板），MALBAC利用特殊的引物使擴增子具有互補末端并因此循環(huán)，防止DNA被指數(shù)復(fù)制。這導(dǎo)致僅擴增原始基因組DNA，并因此降低擴增偏倚。
PicoPLEX單細胞全基因組擴增WGA技術(shù)是一種特殊隨機引物起始的熱循環(huán)擴增+PCR的全基因組擴增方法。PicoPLEX相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎(chǔ)的單細胞全基因組擴增技術(shù)，操作簡單快速。PicoPLEX全基因組擴增技術(shù)具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性，已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術(shù)。這一技術(shù)也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。
PicoPLEX 技術(shù)流程：
包括文庫構(gòu)建和文庫擴增兩個步驟。文庫構(gòu)建（預(yù)擴增）階段，設(shè)計的特殊引物能消除引物之間的雜交，從而提高引物和模板的配對效率。利用特殊隨機引物（Quasi-random primer）引發(fā)線性擴增進行全基因組擴增。特別設(shè)計的隨機引物（參見US patent 8,206,913）能減少引物二聚體的形成，從而提高引物和模板的配對效率。
分兩次擴增。*次擴增，特殊隨機引物與基因組DNA結(jié)合，形成莖環(huán)形結(jié)構(gòu)文庫，第二次擴增，只有莖環(huán)形結(jié)構(gòu)的文庫被擴增。
PicoPLEX產(chǎn)品引用文獻
PicoPLEX WGA kit采用PicoPLEX技術(shù)，設(shè)計、優(yōu)化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。
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4.Williamson et al. 2016 Nature Communications
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