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KAPA RiboErase Globin 血液RNA-Seq的利器
閱讀：2703發(fā)布時(shí)間：2021-2-5
對(duì)血液樣本進(jìn)行RNA測(cè)序時(shí)，如果不進(jìn)行適當(dāng)?shù)奶幚?，?huì)影響測(cè)序的結(jié)果。
*，真核生物細(xì)胞含有一些高豐度RNA，其中含量高的是核糖體RNA（rRNA），而血液的RNA中含量第二高的就是珠蛋白（globin）RNA。這兩種RNA占血液樣本總RNA的85%以上。
如果不進(jìn)行處理就建庫(kù)測(cè)序，高豐度RNA占據(jù)著大量的數(shù)據(jù)，不僅浪費(fèi)了測(cè)序成本，更淹沒(méi)了目標(biāo)RNA的數(shù)據(jù)，特別是一些低豐度但起著關(guān)鍵調(diào)控的RNA或者是罕見(jiàn)融合位點(diǎn)，使我們難以比較表達(dá)的差異化和特異性。
利用mRNA的polyA尾特點(diǎn)來(lái)富集mRNA的方法，雖然可以去除核糖體RNA，但并不能去除globin mRNA，同時(shí)其它的非編碼RNA的品種也會(huì)一并丟失。另外，在RNA樣本的質(zhì)量不高時(shí)，由于降解導(dǎo)致polyA尾的不完整，這種方法也不適用。
這些問(wèn)題通過(guò)采用RNA酶H法的KAPA新品Globin RNA去除寡核苷酸加上RiboErase (HMR)核糖體RNA去除試劑盒即可輕松解決！
RNA酶H法的原理：rRNA及globin RNA與特異互補(bǔ)的DNA寡核苷酸鏈雜交，接著與DNA鏈雜交的RNA品種被RNA酶H特異消化去除，引入的DNA鏈則通過(guò)后續(xù)的DNA酶消化而去除。
1
產(chǎn)品應(yīng)用
1
可同時(shí)去除細(xì)胞質(zhì)5S、5.8S、18S及28S 核糖體RNA，線粒體12S及16S 核糖體RNA， 以及珠蛋白globin mRNA
2
適合物種：人、小鼠、大鼠
3
可用于檢測(cè)帶polyA尾的RNA（成熟mRNA）及不帶polyA尾的RNA（包括非編碼RNA及前體RNA）
4
高質(zhì)量與低質(zhì)量RNA樣本同樣適用
2
優(yōu)異表現(xiàn)
1
穩(wěn)定去除99.9% rRNA及99.9% globin mRNA
2
低至25ng的血液來(lái)源RNA樣本也可獲得豐富轉(zhuǎn)錄本信息
3
一天內(nèi)快速完成RNA富集及建庫(kù)流程（~6.5小時(shí)）（配套KAPA RNA Hyper建庫(kù)試劑盒）
4
降低非特異性去除比例（與非酶去除法比較）
KAPA更高效、重復(fù)性更好
▲ 圖一 KAPA 實(shí)驗(yàn)流程與I品牌同類產(chǎn)品相比，KAPA對(duì)globin mRNA及rRNA的去除效率更高，重復(fù)性更好。測(cè)序文庫(kù)從25/100/1000ng人血來(lái)源的RNA樣本制備，實(shí)驗(yàn)流程采用了相應(yīng)產(chǎn)品推薦的實(shí)驗(yàn)方案。
KAPA助您發(fā)現(xiàn)更多
▲ 圖二 KAPA 實(shí)驗(yàn)流程提升了*轉(zhuǎn)錄本的檢測(cè)數(shù)量
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