① 首先，梯度凝膠比單一濃度凝膠的分離范圍更寬，可以同時分離較大范圍分子量的蛋白質(zhì)。單一凝膠電泳對于分子量超過其分離范圍的蛋白質(zhì)，過大或過小，都不能分離。而梯度凝膠孔徑范圍比單一凝膠大，分子量較大的蛋白質(zhì)可以在凝膠頂部大孔徑部分得到分離，而分子量較小的蛋白質(zhì)可以在凝膠底部小孔徑部分得到分離，所以分子量較大和較小的蛋白質(zhì)可以同時得到分離。例如用4％～30％的梯度膠可以分離分子量5萬～200萬的蛋白質(zhì)。
② 另一個優(yōu)點是梯度凝膠可以分辨分子量相差較小，在單一濃度凝膠中不能分辨的蛋白質(zhì)。電泳過程中，蛋白質(zhì)在梯度凝膠中遷移，經(jīng)過的孔徑越來越小，直到凝膠的孔徑不能通透，這樣電泳過程中蛋白質(zhì)就被濃縮，集中在一個很窄的區(qū)帶中。而分子量略小的蛋白質(zhì)可以遷移得更靠前一些，被集中在略前面的區(qū)帶中。由于梯度凝膠孔徑逐步變小，在蛋白質(zhì)不能通透的孔徑附近對蛋白有濃縮作用，所以電泳后形成很窄的區(qū)帶，可以分辨出分子量相差較小的蛋白質(zhì)。對于太稀的樣品，在電泳過程中可以將樣品分幾次加樣，大小不同的蛋白質(zhì)分子zui終都會滯留在其相應(yīng)的凝膠孔徑中而得到分離。
③ 可以直接測定天然狀態(tài)蛋白質(zhì)的分子量而不需要解離為亞基，因此這一方法可以與SDS-PAGE測定分子量的方法互為補充。
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