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mNGS及古細(xì)菌DNA檢測(cè)應(yīng)用：PCR去污染試劑盒描述

在研究和診斷中，PCR是一種檢測(cè)DNA是否存在的敏感方法。PCR中使用的聚合酶經(jīng)常被E.coli DNA污染。當(dāng)檢測(cè)少量細(xì)菌DNA時(shí)，污染的DNA可能導(dǎo)致靈敏度降低和假陽(yáng)性。其他污染源可能是dNTPs、緩沖體系、引物/探針，以及操作過(guò)程中引入的DNA污染。一般來(lái)說(shuō)，對(duì)細(xì)菌的檢測(cè)和分型采用16S或23S rDNA基因保守區(qū)段為靶點(diǎn)的廣譜范圍探針。該方法對(duì)細(xì)菌DNA污染非常敏感，而大多數(shù)Master mix和聚合酶中都發(fā)現(xiàn)細(xì)菌DNA的痕跡。當(dāng)使用qPCR檢測(cè)或定量少量的細(xì)菌DNA時(shí)，污染的E.coli DNA可能會(huì)導(dǎo)致假陽(yáng)性結(jié)果。

為了解決這個(gè)問(wèn)題，我們開(kāi)發(fā)出PCR去污染試劑盒，既能去除Master mix中細(xì)菌DNA污染，又不影響PCR反應(yīng)的靈敏度。此外，該試劑盒無(wú)RNase活性。

優(yōu)勢(shì)    

1. 減少背景污染，提高目標(biāo)基因檢測(cè)下限；
    2. 不影響PCR檢測(cè)靈敏度；
    3. 簡(jiǎn)單易用，操作方便。

應(yīng)用   1. 去除PCR及RT-PCR的mastermix中E.coli內(nèi)源DNA污染及其他DNA污染；
  2. 用于終點(diǎn)PCR和探針依賴的qPCR；
  3. 用于細(xì)菌檢測(cè)及基因分型；
  4. 用于古細(xì)菌DNA檢測(cè)。

組分及特性

dsDNase：雙鏈特異性DNA酶，去除Master mix、引物及探針等的污染DNA；

DTT：60℃條件下，能夠不可逆滅活dsDNase，確保模板DNA不被清除。
不降低反應(yīng)靈敏度   DNA污染是高靈敏度應(yīng)用面對(duì)的主要問(wèn)題。這些應(yīng)用，以低豐度DNA為目標(biāo)檢測(cè)基因，極易受到污染DNA的干擾。因此，任何影響PCR靈敏度的去除DNA污染的方法，都是不能使用的。

Figure 2. 用PCR去污染試劑盒處理/未處理的mastermix、5個(gè)10倍梯度稀釋的gDNA和水（NTC）為模板進(jìn)行qPCR檢測(cè)。與NTC untreated組相比，NTC decontaminated組在45個(gè)cycle仍然沒(méi)有信號(hào)，說(shuō)明PCR去污染試劑盒能程度去除mastermix中的污染。PCR去污染試劑盒處理前/后數(shù)據(jù)相比，Cq值并沒(méi)有明顯改變，說(shuō)明基本不影響反應(yīng)靈敏度。

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   上海創(chuàng)凌生物科技有限公司，聚焦細(xì)胞治療、基因治療、類(lèi)器官研究、mNGS病原微生物檢測(cè)等領(lǐng)域，是ArcticZymes Technologies的中國(guó)代理。mNGS及古細(xì)菌DNA檢測(cè)應(yīng)用：PCR去污染試劑盒