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StrataQuest組織流式細胞/分子定量分析平臺
StrataQuest作為專業(yè)級組織流式定量分析平臺，整合HistoQuest/TissueQuest軟件提供的組織原位單細胞水平精準定量分析解決方案。
產(chǎn)品簡介
詳細介紹
StrataQuest組織流式細胞/分子定量分析平臺
專業(yè)級組織流式定量分析系統(tǒng)
StrataQuest作為專業(yè)級組織流式定量分析平臺，整合HistoQuest/TissueQuest軟件提供的組織原位單細胞水平精準定量分析解決方案。該軟件兼容多種類型組織細胞樣本，實現(xiàn)不同生物科研領域原位定量分析，更深層次的分析需求。
StrataQuest軟件能夠精準識別復雜組織中的：
分子探針標記（FISH、RNA Scope等）
細胞亞水平結(jié)構標記物（細胞器、細胞骨架等）
單細胞結(jié)構標記（細胞核、細胞質(zhì)、細胞膜等）
特殊組織類型（如腺體、腫瘤、血管、支氣管、肌肉、骨等）
StrataQuest組織流式細胞/分子定量分析平臺
技術特點
組織結(jié)構自動識別
基于神經(jīng)網(wǎng)絡與深度學習的單細胞識別算法
AI人工智能組織特質(zhì)化數(shù)據(jù)挖掘
細胞亞型的空間位置分布
多靶點組織微環(huán)境蛋白分子互作
可視化大數(shù)據(jù)多維度分析
基于神經(jīng)網(wǎng)絡(DNN)與深度學習的單細胞識別算法
2020年，TissueGnostics公司在專業(yè)單細胞核識別算法基礎上，結(jié)合深度神經(jīng)網(wǎng)絡算法（Deep Neural Networks，DNN），開發(fā)了新一代基于AI的單細胞核識別方法，不但可以更準確分辨互相擠壓重疊的細胞核，而且對于細胞輪廓邊界識別，排除了非焦面的模糊邊界帶來的不確定性，提高了細胞核/質(zhì)/膜形態(tài)學識別的準確率。（左圖為常規(guī)細胞核識別算法，右圖為基于神經(jīng)網(wǎng)絡(DNN)與深度學習的單細胞識別算法）
特異性組織結(jié)構的形態(tài)學識別
特異性組織區(qū)域識別解決方案，適用于明場/熒光樣本。對于彩色明場樣本，可自動獨立細胞核/質(zhì)/膜染色通道：1. 利用蘇木素/DAPI染色通道，對細胞核進行精準識別，繼而定量細胞核/質(zhì)/膜信號強度分布及面積形態(tài)；2. 利用特異性染色及組織特征，識別上皮細胞/間質(zhì)區(qū)域/空腔等結(jié)構，對腫瘤/腺體/膠原增生等組織類型進行識別及定量分析。該解決方案還可用于HE染色樣本的細胞-組織結(jié)構識別，使大量樣本快速染色+深度分析的工作模式成為可能。
AI人工智能組織特質(zhì)化數(shù)據(jù)挖掘
作為專業(yè)大數(shù)據(jù)組織流式深度分析軟件，StrataQuest整合了不同算法模塊，通過標記-訓練-修正的人機交互模式，能夠精確獲得符合不同實驗需求的組織結(jié)構輪廓及其定量分析數(shù)據(jù)。同時TG公司也針對不同研究目的開發(fā)了一系列APP解決方案，實現(xiàn)了更多研究者對于軟件高效、易于操作的使用需求。
新版StrataQuest Classifier算法獲得的組織識別結(jié)果，也同樣支持與其他算法模塊聯(lián)動，如反卷積運算、集合運算、布爾運算等等，以實現(xiàn)創(chuàng)新研究中更為精準復雜的定量分析要求。
基于細胞-組織社會學的數(shù)據(jù)驅(qū)動研究
細胞社會學是研究細胞社會性的科學，即通過研究細胞間識別、通訊、集合的的模式，對細胞與細胞、細胞與組織乃至整個機體的相互依存、相互制約、相互作用的關系進行研究，包含細胞對組織功能的影響，以及整體和細胞群對細胞的生長、分化和死亡等活動的調(diào)節(jié)控制。
StrataQuest*定量分析軟件的細胞-組織社會學分析功能，通過細胞識別及特異性結(jié)構識別、組織識別功能，可以獲得：1. 目標在組織原位的數(shù)量關系、面積大小、形態(tài)學參數(shù)；2. 細胞-細胞、細胞-組織、組織-組織之間微米級的空間位置關系；3. 目標特異性染色的強度、分布、統(tǒng)計關系
利用TissueFAXS Cytometrydu有的二維散點圖正反向回溯校驗技術，對三者從數(shù)據(jù)層面和圖像層面的數(shù)據(jù)進行有機整合，獲得組織原位細胞社會學的大數(shù)據(jù)分布規(guī)律。
該功能源自TissueGnostics公司在歐盟CaSR Biomedicine項目中開發(fā)的數(shù)字病理*科研需求。該項目是通過利用單個分子鈣敏感受體（CaSR）來影響一系列的生理和疾病過程，從而開發(fā)出*，強大的多學科和跨部門的科學。項目由八個國家的13個研究小組團體合作，采用系統(tǒng)生物學方法來研究糖尿病、阿爾茨海默氏病、肌肉減少癥、癌癥、心血管疾病中，相同的細胞分子在不同組織中的重要性。通過研究來確定靶向CaSR的藥物的新穎治療方法。
組織微環(huán)境原位精準定量分析
生物體原位，不同的組織器官和構成其微環(huán)境的多種因素共同作用，發(fā)揮著不同的功能。通過哪些特征指標可以更精準的判定微環(huán)境范圍和結(jié)構，以及微環(huán)境中不同因素量化的客觀標準，直接影響科學研究的策略及數(shù)據(jù)的可靠性。以腫瘤微環(huán)境為例，腫瘤可以通過釋放細胞信號分子影響其微環(huán)境，促進腫瘤的血管生成和誘導免疫耐受，而微環(huán)境中的免疫細胞可影響癌細胞增長和發(fā)育，有助于腫瘤異質(zhì)性的形成，腫瘤微環(huán)境中的免疫細胞組成常常會決定其對某種特定療法的響應，尤其是會決定癌癥免疫療法的成敗。
StrataQuest專業(yè)組織流式定量分析軟件根據(jù)識別到的腫瘤輪廓，結(jié)合實驗需要，實現(xiàn)以微米為尺度尋找腫瘤內(nèi)外不同距離范圍內(nèi)目的細胞的功能。可定義的識別的標準包括核/質(zhì)/膜的各種形態(tài)及染色，也可以包括雙標/三標乃至無上限標記數(shù)量的共表達目的細胞。通過精確定量微環(huán)境中發(fā)揮不同功能的特定細胞及其位置，找到不同實驗組中的差異趨勢。
利用StrataQuest軟件發(fā)表的相關文章中，已有研究者證明腫瘤能夠誘導腫瘤相關巨噬細胞、髓系來源的抑制細胞和調(diào)節(jié)性T細胞等的形成，進而在腫瘤微環(huán)境中誘導免疫抑制，促進腫瘤免疫逃逸，并且促進腫瘤的侵襲轉(zhuǎn)移。因此，這些細胞類群也作為潛在的藥物靶點來干預腫瘤的發(fā)生發(fā)展。
多種數(shù)據(jù)呈現(xiàn)模式
TissueFAXS Cytometry組織流式定量分析技術提供多種可選數(shù)據(jù)呈現(xiàn)模式（細胞真實輪廓圖、散點圖、直方圖、熱力圖及原始數(shù)據(jù)等）。在TissueFAXS Cytometry二維類流式散點圖與組織原位定量細胞進行實時對應校驗的基礎上，新增了細胞影像散點圖，不但可以在散點圖象限內(nèi)獲得真實細胞的直觀分布趨勢，更可以獲得所有目標細胞在組織中的整體表現(xiàn)，便于研究者從整體水平對細胞組織定量標準進行把控。