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PCR試驗(yàn)交流

來源:哈爾濱德遠(yuǎn)科技開發(fā)有限公司   2011年06月16日 21:49  

你會讀marker嗎? 
zui近在做PCR試驗(yàn),發(fā)現(xiàn)要了解的東西太多了,很多非常基礎(chǔ)的常識性的知識都很容易出問題,zui近就出現(xiàn)電泳圖中的Marker問題,一起做試驗(yàn)的前輩教我從zui后一條開始數(shù),zui后一條為11,代表72bp,前面再類推。按此方法比較一直以為自己沒跑出所需條帶,降低條件反復(fù)跑。

然后坐下來總結(jié)經(jīng)驗(yàn),終于我認(rèn)識到可能是Marker的閱讀問題,并且在試驗(yàn)中我試著用不同的電泳時間看結(jié)果,發(fā)現(xiàn)有時候條帶總共是10條,有時候是9條。我意識到按照zui后一條條帶來定位是不準(zhǔn)確的。并上網(wǎng)查看Marker說明,發(fā)現(xiàn)不同的Marker說明表格顯示有的總共11條,有的總共13條。但是在對照圖片上可以發(fā)現(xiàn)zui后的11號或13號甚至12號條帶往往光有數(shù)據(jù)而不顯示條帶,這說明zui后1條條帶甚至倒數(shù)第二條條帶是很難顯示的。有時它們在同一個條帶上標(biāo)記兩個數(shù)據(jù),這是因?yàn)槿绻娪緯r間或膠的濃度影響,有時無法分辨為兩條。因此,我可以確信,用Marker比較一定要從起始端開始數(shù),而不能根據(jù)zui末一個條帶來定位。拿到足夠的證據(jù),同已經(jīng)做了1年多試驗(yàn),就要發(fā)表文章的前輩討論,但他仍然堅(jiān)持自己的看法,說是老師教他的。終于我將這個情況跟技術(shù)員及老板討論,zui終獲得認(rèn)同。這樣看來,這個問題也不簡單。

另外補(bǔ)充幾條:

1、是應(yīng)該從大條帶端開始數(shù),原因有二:

小條帶跑得快,時間長了可能會跑出膠,所以電泳時要注意好時間;

在電泳過程中EB是向陰運(yùn)動,所以跑到凝膠下緣的條帶染色很弱甚至不染色,也會看不到!必要時建議灌制長膠。

2、marker中的小條帶分子量較小,跑的時間長了容易彌散而導(dǎo)致看不清楚

3、同意上面的說法,zui近也在跑電泳,我每次也是從zui下面數(shù)的,上面的條帶有時候顏色很淺看不出來!

4、另外還有一些商用Marker,有一個條帶亮度超過其他條帶(比如為其他的兩倍),比較容易分辨,也可以幫助定位!

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