Blast（Basic Local Alignment Search Tool），可謂生信領(lǐng)域zui常用的工具，拿到1段序列（測(cè)序

結(jié)果，或設(shè)計(jì)好的引物等等），1般都會(huì)去 blast 1下，查找相似序列。在查找相似序列的基

礎(chǔ)上衍生出了各種作用，比如鑒別基因組，蛋白質(zhì)，查找特定靶區(qū)，檢驗(yàn)引物特異性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人開發(fā)出來，NCBI 引進(jìn)，至今還在改善，更新算法。

量身選用數(shù)據(jù)庫(kù)

做 BLAST 不僅要考慮選擇哪種算法，還要考慮選哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)來比對(duì)。我們zui常用的可能就人

1222類或小鼠基因組+轉(zhuǎn)錄組，但仍可根據(jù)自身情況選擇合適的數(shù)據(jù)庫(kù)，能大大節(jié)省檢索時(shí)間，

并提高返回的結(jié)果的質(zhì)量和特異性。

不過這么多庫(kù)怎么選呢，可以點(diǎn)1下旁邊的問號(hào)（Help），查看選所的數(shù)據(jù)庫(kù)的說明：

再者，如果你已經(jīng)知道你要查的序列來自哪個(gè)物種，或你要跟哪個(gè)物種比對(duì)，也可以在

Organism 選項(xiàng)框中輸入，也可以減少 BLAST 的操作程序，節(jié)省時(shí)間。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手術(shù)器械似的，不同的算法干不同的活，得根據(jù)自己需要的信息，選擇需

要的工具。可以看到檢索頁(yè)面上方有 5 個(gè)選項(xiàng)卡，分別代表 5 種查詢類型。

各大類之下可能還有幾個(gè)小分類可選：

它們的功能要點(diǎn)總結(jié)如下：

1224結(jié)果解讀

找1小段蛋白序列來試1下那個(gè)新算法 Quickblastp?？赡苁俏业男蛄刑塘?，并沒有感覺到

Quick (0.0) 如果你的序列夠長(zhǎng)可以體會(huì)1下。

首先會(huì)看到1個(gè)表頭，展示這次比對(duì)的基本信息，如比對(duì)類型、序列長(zhǎng)度、所選的數(shù)據(jù)庫(kù)等

等，就不貼圖了。

接下來就是圖形描述（Graphic Summary）。

1225第1部分是保守域，當(dāng)檢測(cè)到時(shí)才會(huì)顯示。

第二部分是比對(duì)上的序列（hit）在查詢序列上的分布。有刻度的條帶是序列的坐標(biāo)，其下的

每1個(gè)細(xì)條帶代表1段 hit，其顏色是按上方的顏色標(biāo)尺顯示比例得分（alignment score），

得分越高，相似度越高。另外還可注意 E value，E 值越低，相似度越高，點(diǎn)擊可顯示詳細(xì)信

息。

保守域也可點(diǎn)開查看詳情，在每個(gè) hit 上懸浮鼠標(biāo)可看到它編碼的蛋白的 3D 結(jié)構(gòu)圖以及功

能等詳細(xì)說明，在下方的列表中點(diǎn)開+號(hào)還可看到具體的序列。

1226這樣便可對(duì)你的序列特征和功能有個(gè)大致的了解