大家在讀醫(yī)學(xué)研究文獻(xiàn)時(shí)常常會(huì)看到1種不明覺厲的研究技術(shù),叫“Acyl-biotinyl Exchange”,
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翻譯過來就是“?;?/span>-生物素交換法”。這種方法主要用于研究蛋白質(zhì)所發(fā)生的翻譯后修飾。
大多數(shù)蛋白分子都有多個(gè)不同的翻譯后修飾機(jī)制,用以調(diào)節(jié)蛋白功能。蛋白質(zhì)zui常見的翻譯
后修飾方式叫磷酸化,主要發(fā)生在絲氨酸、蘇氨酸等殘基位點(diǎn)上,常常通過特異性的抗體進(jìn)
行檢測(cè)。
除了磷酸化之外,蛋白質(zhì)的翻譯后修飾的方式還有很多,例如糖基化、乙?;?、甲基化、亞
硝基化、谷胱甘肽化、棕櫚酰化等等。探索蛋白質(zhì)翻譯后修飾的生物學(xué)意義是是生命科學(xué)的
研究熱點(diǎn)之1。
對(duì)于醫(yī)學(xué)研究而言,如果你在課題研究過程中發(fā)現(xiàn)某種新報(bào)道的蛋白質(zhì)翻譯后修飾剛好參與
調(diào)控疾病過程中該蛋白的功能變化,那么恭喜你,1篇不錯(cuò)的好文章已經(jīng)在不遠(yuǎn)處招手啦。
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酰基-生物素交換法是1種常見的檢測(cè)蛋白質(zhì)翻譯后修飾的方法。蛋白質(zhì)的半胱氨酸殘基上
的巰基基團(tuán),由于其高反應(yīng)性,很容易發(fā)生各種氧化還原反應(yīng)或?;磻?yīng)。?;?/span>-生物素交
換法的實(shí)質(zhì)是將所要檢測(cè)的翻譯后修飾轉(zhuǎn)化為?;纳锼鼗鶊F(tuán)。
整個(gè)交換過程要分三步完成:
第1步,先封閉可能干擾檢測(cè)的噪音,就是其他可被生物素?;陌被釟埢鶊F(tuán);
第二步,通過某種方式將所檢測(cè)的翻譯后修飾特異性的轉(zhuǎn)變成可進(jìn)行?;磻?yīng)的狀態(tài),如
還原態(tài)的巰基狀態(tài)或游離的胺基狀態(tài);
第三步,將生物素通過?;磻?yīng),結(jié)合那些轉(zhuǎn)變生成的可發(fā)生翻譯后修飾的氨基酸殘基。
這樣,原來的蛋白質(zhì)翻譯后修飾會(huì)交換成?;纳锼?。再通過可以選擇性結(jié)合生物素的
親和素制備層析柱,就可以富集這些生物素化的蛋白,再通過抗體11檢測(cè)。
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亞硝基化修飾是1種發(fā)生在半胱氨酸殘基巰基上的蛋白質(zhì)翻譯后修飾,對(duì)很多心腦血管疾病
相關(guān)的蛋白功能有重要的調(diào)節(jié)效應(yīng)。以亞硝基化為例,可以幫助我們了解如何通過酰基-生物素交換法來研究蛋白質(zhì)的翻譯后修
飾。下面讓我們1起看看如何在實(shí)驗(yàn)室里通過?;?/span>-生物素交換法檢測(cè)某個(gè)蛋白亞硝基化水
平吧。
首先,工欲善其事必先利其器。不要嫌麻煩,認(rèn)認(rèn)真真的配制幾種溶液吧。
第1種,叫 HEN buffer(11.9150gHepes 羥乙基哌qin乙磺酸. NaOH,0.0584g 乙二胺四乙酸,
0.004166g 新亞銅樹堿,加入到 200 ml 超純水中),這可是整個(gè)?;锼亟粨Q反應(yīng)發(fā)生的
基礎(chǔ)緩沖液哦。
第二種,叫 HENS buffer,就是在 HEN buffer 的基礎(chǔ)上,加入1定比例的 SDS(1般是把 HEN
buffer 和 25%的 SDS 按 9:1 配好)。
第三種,叫裂解液,是在第1種 HEN buffer 的基礎(chǔ)上,每毫升體積里加入 1% 的 NP40 10 μl,
protease inhibitor cocktail 10μl,1 mM 的 PMSF 10μl。裂解液是zui先用到的液體,用于破碎
細(xì)胞或組織。
第四種,叫洗脫液,在第二種 HENS buffer 的基礎(chǔ)上,加入 DTT 配制而成(1般 DTT 的終濃
度為 100-200mM)。
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然后,我們就可以按照上面介紹的三大步,對(duì)蛋白質(zhì)上亞硝基化修飾的巰基來進(jìn)行 Acyl
biotinyl Exchange Reaction 了。
第1步,封閉可能產(chǎn)生干擾的噪音:將細(xì)胞或組織樣本按 10μl/mg 或 500μl/孔(六孔板)
加入裂解液,在冰上進(jìn)行超聲裂解處理 5 分鐘, 立即 4℃下 12000g,離心 15 分鐘。取上清,
加入 4 倍體積的 blocking buffer。
所謂的 blocking buffer,就是在每 ml HENS buffer 中加入 10ul MMTS 儲(chǔ)液(MMTS 的全稱是
methyl methanethiosulfonate,是1種特異性的巰基封閉劑,用二甲基甲酰胺配制到 2M 的儲(chǔ)
液濃度)。封閉反應(yīng)在 50℃的恒溫水箱中進(jìn)行,1般要 20 分鐘到半小時(shí)。
第二步,將亞硝基化修飾的巰基轉(zhuǎn)化為可進(jìn)行酰基化反應(yīng)的游離巰基:把裂解液轉(zhuǎn)入
離心管里。在離心管中1次性加滿-20 攝氏度的丙酮,-20℃下靜置 40 分鐘,立即 4℃,5000g
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離心 20 分鐘,去除上清。
重復(fù)步驟三次后得到比較純凈的蛋白質(zhì)。去除丙酮上清后,向沉淀加入用 HENS buffer 所配
制的維生素 C (20 mM,1ml),溶解蛋白并將亞硝基化信號(hào)轉(zhuǎn)變?yōu)榭甚;膸€基分子。
第三步,將生物素通過?;磻?yīng)結(jié)合這些轉(zhuǎn)變生成巰基。加入用 HENS buffer 所配制
的生物素 biotin–HPDP(1mM, 1ml),室溫下孵育 2 小時(shí)(用搖床,1定注意避光)。反應(yīng)完
成后再用丙酮沉淀的方法,去除反應(yīng)液里小分子,制備純化蛋白。
把反應(yīng)液轉(zhuǎn)移入離心管里。在離心管中1次性加滿-20 攝氏度的丙酮,-20℃靜置 40 分鐘,
立即 4℃,5000g 離心 20 分鐘,去除上清。重復(fù)步驟三次。用 2~3ml 的 HENS buffer *溶
解沉淀物。
zui后,我們還有1個(gè)很關(guān)鍵的實(shí)驗(yàn)步驟,就是從1堆蛋白質(zhì)里把亞硝基化修飾的蛋
白分揀出來進(jìn)行抗體檢測(cè)。不要忘了哦,此時(shí),那些原本亞硝基化修飾的蛋白質(zhì)早已被換
成了帶有酰基生物素標(biāo)簽的蛋白,找出它們可1點(diǎn)也不難。
我們用1種填料親和素-agarose 制備成親和層析小柱,這可是個(gè)很高大上的玩意,可以把帶
有?;锼貥?biāo)簽的蛋白統(tǒng)統(tǒng)結(jié)合上去。
將溶解沉淀蛋白的 HENS 液灌注親和素-agarose 洗脫柱,循環(huán)多次,并用洗脫液沖洗灌注親和
素-agarose 洗脫柱(確保洗脫液充滿整個(gè)柱體),在 100℃時(shí)處理 20 分鐘后,打開親和素-
agarose 洗脫柱下蓋,收集含目標(biāo)蛋白洗脫液,并且用洗脫液繼續(xù)沖洗 2~3 次。收集蛋白。
?;?/span>-生物素交換法的步驟雖然比較復(fù)雜,但是并不需要特殊的實(shí)驗(yàn)設(shè)備,屬于成本不高但
逼格很高。基本上可以做 WESTERN BLOTTING 實(shí)驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)室都可以做這方面的研究。
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而且,做疾病模型中的蛋白質(zhì)翻譯后修飾的文章還不算很多,相當(dāng)搶手,可以多多關(guān)注哦。
注意事項(xiàng):
不是所有蛋白都會(huì)發(fā)生亞硝基化修飾。先做好文獻(xiàn)調(diào)研。維生素 C 還原處理的時(shí)間不宜太長(zhǎng)。
Biotin–HPDP 配成儲(chǔ)液后分裝成小支。
丙酮沉淀蛋白后要盡量吹干或揮干里面的丙酮?dú)埩簟?
親和素-agarose 洗脫柱填裝制備時(shí)要注意推平,不要產(chǎn)生縫隙或氣泡。
如果對(duì)該技術(shù)有興趣,推薦幾篇文獻(xiàn)看1看:
1.ffrey SR, Erdjument-Bromage H, Ferris CD, Tempst P, Snyder SH (2001) Protein S-nitrosylation: a
physiological signal for neuronal nitric oxide. Nat Cell Biol 3:193–197.
2.ffrey SR, Fang M, Snyder SH (2002) Nitrosopeptide mapping: a novel methodology reveals S
nitrosylation of dexras1 on a single cysteine residue. Chem Biol 9:1329 –1335.
3.stafa AK, Kumar M, Selvakumar B, Ho GP, Ehmsen JT, Barrow RK, Amzel LM, and Snyder SH (2007).
Nitric oxide S-nitrosylates serine racemase, mediating feedback inhibition of D-serine formation.
Proc Natl Acad Sci USA 104: 2950-2955.
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