即使蛋白酶對(duì)細(xì)胞功能很重要，但你也有不想見到它們的時(shí)候。比如，在純化蛋白質(zhì)的時(shí)候，你可不想讓蛋白酶大肆吞噬你的目標(biāo)蛋白吧，特別是低豐度蛋白。如今，市場(chǎng)上有多種蛋白酶抑制劑可供選擇，幫助你在必要時(shí)停止蛋白酶的活性。
為了對(duì)付細(xì)胞和組織樣品中存在的各種蛋白酶，抑制劑的選擇也在不斷增加。目前，主要有四種類型的蛋白酶，根據(jù)他們活性位點(diǎn)中的氨基酸命名：絲氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶和金屬蛋白酶。蛋白酶抑制劑可以特異針對(duì)一種蛋白酶，也可以是廣譜的。
人們通常根據(jù)抑制劑作用的蛋白酶類型，以及它們可逆或不可逆，對(duì)蛋白酶抑制劑進(jìn)行分類。如何選擇和使用？這似乎是一個(gè)難題，光看名字就已經(jīng)讓人頭暈了。下面讓我們來聽聽專業(yè)人士的建議。
從雞尾酒開始
蛋白酶抑制劑的選擇，取決于每個(gè)用戶的個(gè)性化實(shí)驗(yàn)，不過對(duì)于裂解細(xì)胞或勻漿組織的應(yīng)用，抑制劑混合物（或者說雞尾酒）通常是個(gè)比較保險(xiǎn)的選擇，可阻斷不同的蛋白酶。Abbexa暢銷的抑制劑就是兩種混合物：Protease Inhibitor Cocktail Multipurpose以及Protease, Phosphatase & PMSF；這兩者都適用于裂解液?！八鼈兤毡檫m用，適合許多樣品，無論是新鮮還是FFPE組織，抑或不同的物種，”Abbexa的經(jīng)理Sabrina Calabressi談道。
若研究人員希望保留目的蛋白，同時(shí)維持細(xì)胞健康，默克密理博的高級(jí)經(jīng)理Chandra Mohan也建議使用抑制劑混合物。她建議選擇針對(duì)四種蛋白酶的抑制劑，如默克密理博的Protease Inhibitor Cocktail III。它可抑制哺乳動(dòng)物細(xì)胞和組織中的天冬氨酸、半胱氨酸和絲氨酸蛋白酶以及氨肽酶。
有時(shí)，不那么特異的抑制劑似乎是個(gè)更好的選擇。“在裂解細(xì)胞或制備組織勻漿液時(shí)，最好使用具有廣譜特異性的抑制劑，”Mohan說?！八鼈儜?yīng)當(dāng)快速反應(yīng)，與蛋白酶不可逆結(jié)合，并在蛋白純化后輕松去除?！?br style="box-sizing: border-box;"/>盡管如此，選擇困難癥還是圍繞著你。Abbexa認(rèn)為，嘗試不同的類型是供應(yīng)商的責(zé)任，而不是研究人員的。這家公司建議你和供應(yīng)商交流，讓他們將利用自己的專業(yè)知識(shí)來幫你選擇。通常，Abbexa在了解研究人員的特定分析、樣品類型和應(yīng)用之后，才推薦最佳的抑制劑。
考慮作用機(jī)制
對(duì)于某些類型的實(shí)驗(yàn)，你也許要在更小的范圍內(nèi)搜索抑制劑。根據(jù)Mohan的建議，你需要先確定阻斷的是哪種類型的蛋白酶，然后再選擇合適的抑制劑。因?yàn)椴煌囊种苿┯胁煌淖饔脵C(jī)制。
“蛋白酶抑制劑可能是可逆的，也可能是不可逆的，它們通過空間位阻來防止底物靠近活性位點(diǎn)，”Mohan說。其他蛋白酶抑制劑抑制劑可能通過修飾蛋白酶活性位點(diǎn)的氨基酸來發(fā)揮作用?！氨热?，PMSF可讓絲氨酸蛋白酶失活，它與活性絲氨酸發(fā)生反應(yīng)，其中氯＋基酮衍生物與活性位點(diǎn)中的催化三聯(lián)體反應(yīng)，”Mohan談道。
先廣泛，后具體
如今，抑制劑用在各種各樣的應(yīng)用中，這也是人們需要謹(jǐn)慎選擇的一個(gè)原因?！跋掠蔚奶幚砗头治?，將決定蛋白酶抑制劑的選擇和使用，”Sigma-Aldrich的市場(chǎng)部經(jīng)理Robert Gates談道。例如，他補(bǔ)充說，“液相蛋白質(zhì)組分析（如血清）可能需要蛋白酶的立即抑制，因?yàn)樗鼈儠?huì)水解低豐度的目標(biāo)蛋白。”
事實(shí)上，目前有這么多類型的抑制劑，將它們分門別類還真是很困難。在選擇蛋白酶抑制劑時(shí)，Gates建議從廣泛的開始，然后不斷縮小范圍。“第一步可能是嘗試預(yù)先配置的雞尾酒，比如Sigma-Aldrich的P8340，專為哺乳動(dòng)物的組織而設(shè)計(jì)的，”他說?！叭绻鞍姿馊匀淮嬖?，可以采取針對(duì)特定組織和蛋白的方法?！?br style="box-sizing: border-box;"/>我們是否能使用更少的抑制劑來抑制更多的蛋白酶，這還有待觀察。不過，在這么多的選擇中，你肯定能找到一種有效的蛋白酶抑制劑，這是毫無疑問的。
來源：生物通