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熒光PCR檢測(cè)進(jìn)入“分鐘”級(jí)時(shí)代:百泰克23分鐘RNA檢測(cè)技術(shù)

來源:無錫百泰克生物技術(shù)有限公司   2022年09月01日 11:02  

新冠疫情的爆發(fā),使得全球卷入了這場(chǎng)沒有硝煙的戰(zhàn)斗中


等溫?cái)U(kuò)增



核酸檢測(cè)是確診 SARS-CoV-2 感染的最主要依據(jù)。目前可用于 RNA 病毒的核酸檢測(cè)技術(shù)主要有基因測(cè)序、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、等溫核酸擴(kuò)增等。其中熒光定量PCR檢測(cè)方法是*方案。


然而反轉(zhuǎn)錄實(shí)時(shí)熒光定量 PCR(RT-qPCR)的檢測(cè)方法需要依賴溫控精度良好的熱循環(huán)儀,并且PCR反應(yīng)中必須的變性、退火和延伸步驟,使整個(gè)擴(kuò)增檢測(cè)時(shí)間較長(zhǎng),難以實(shí)現(xiàn)對(duì)SARS-CoV-2的現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè)。


核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)無需熱循環(huán)儀,擴(kuò)增反應(yīng)效率高、速度快,非常適合于病原體核酸的現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè)。因此不少相關(guān)從業(yè)人員,都曾把核酸快速檢測(cè)的希望,寄托于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)上面。




不同等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)優(yōu)劣



不少核酸等溫?cái)U(kuò)增方法已相繼被用于SARS-CoV-2的檢測(cè)。包括依賴核酸序列的擴(kuò)增技術(shù)(NASBA)、重組酶聚合酶擴(kuò)增技術(shù)(RPA)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(LAMP)、交叉引發(fā)擴(kuò)增技術(shù)(CPA)、切刻內(nèi)切酶核酸擴(kuò)增反應(yīng)(NEAR)等。


這些技術(shù)原理各異,產(chǎn)物檢測(cè)方法各不相同,造成它們?cè)跈z測(cè)SARS-CoV-2時(shí)的靈敏度、特異性、靶標(biāo)基因、所需儀器、檢測(cè)時(shí)間等方面存在差異。


下圖所示是已經(jīng)獲得國(guó)家藥監(jiān)局批準(zhǔn)的主要的核酸等溫?cái)U(kuò)增檢測(cè)核酸技術(shù),及其相關(guān)情況:


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數(shù)據(jù)來源:馬學(xué)軍5



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市面上這幾種等溫?cái)U(kuò)增的方法各有優(yōu)缺點(diǎn),以下來分析




SAT是在 NASBA 技術(shù)的基礎(chǔ)上,進(jìn)一步提高了檢測(cè)的靈敏度和特異性,但是并未能從根本上克服NASBA 技術(shù)反應(yīng)時(shí)間長(zhǎng)的問題。


熒光RT-RAA法熒光RAA方法靈敏度較高。但是對(duì)樣品核酸品質(zhì)要求較高,需要搭配傳統(tǒng)的提取方法。并且樣品同一時(shí)間只能檢測(cè)單一靶標(biāo)基因。


CPA實(shí)時(shí)熒光法:CPA擴(kuò)增產(chǎn)物采用分子信標(biāo)進(jìn)行檢測(cè),然而這個(gè)方法的通量太小。此外交叉引物的設(shè)計(jì)要求較高,在研發(fā)過程中,引物的篩選和測(cè)試,十分繁瑣。這可能會(huì)造成基于該技術(shù)的檢測(cè)試劑平臺(tái)開發(fā)周期較長(zhǎng)。


LAMP芯片法:可利用肉眼觀察顏色變化,或灰度檢測(cè)來判讀檢測(cè)結(jié)果,雖然降低了對(duì)儀器設(shè)備的要求,適合在資源有限和經(jīng)濟(jì)不發(fā)達(dá)地區(qū)開展核酸檢測(cè),然而主觀判斷顏色變化存在較大個(gè)體差異,有可能影響結(jié)果判讀。


此外國(guó)外,曾經(jīng)有相關(guān)研究人員就病毒檢測(cè),針對(duì)LAMP 實(shí)驗(yàn)方法,以及商品化新冠檢測(cè)試劑盒的作一個(gè)對(duì)比,對(duì)不同濃度的陽性樣品進(jìn)行檢測(cè)對(duì)比,結(jié)果如下表所示:


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結(jié)果顯示在中低濃度的陽性樣品中,LAMP法與熒光定量PCR對(duì)比,陽性檢出率較低,而且檢測(cè)下限也較差。



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除了上述提到的情況外,等溫?cái)U(kuò)增還有以下一些問題




1、樣品前處理(核酸提?。┦堑葴?cái)U(kuò)增一個(gè)主要制約因素。


2、如何實(shí)現(xiàn)單管閉管條件下的多重或多靶標(biāo)等溫?cái)U(kuò)增檢測(cè),并同時(shí)具有高靈敏度和特異性,也是亟待解決的技術(shù)難題。


3、在理論上等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)不能夠通過反應(yīng)時(shí)間來指示核酸擴(kuò)增量,這難以實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的定量檢測(cè),更加適合于半定量或定性檢測(cè)。


4、某些等溫?cái)U(kuò)增方法,如 LAMP 等溫?cái)U(kuò)增涉及多個(gè)引物,往往需要通過優(yōu)化引物設(shè)計(jì)來確保核酸檢測(cè)的特異性與靈敏度,這提高了其技術(shù)實(shí)現(xiàn)難度。


現(xiàn)階段而言,某些等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)具有一定現(xiàn)場(chǎng)應(yīng)用的前景,然而目前的產(chǎn)品通量偏低,時(shí)間偏長(zhǎng)和靈敏度偏低,還是限制了這項(xiàng)技術(shù)的應(yīng)用場(chǎng)景。這些缺點(diǎn)限制了等溫?cái)U(kuò)增的發(fā)展,也造成了等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)空有好的設(shè)想?yún)s遲遲無法落地的困境。


那有沒有既兼具了等溫?cái)U(kuò)增快速、儀器簡(jiǎn)單的特點(diǎn),而又有傳統(tǒng)熒光定量PCR特異性好、準(zhǔn)確度高的檢測(cè)方法?答案是有的??焖贌晒舛縋CR就是這個(gè)問題的解決方法。它既有傳統(tǒng)熒光定量PCR準(zhǔn)確度高,靈敏度好的特點(diǎn),而又通過技術(shù)革新,具備比等溫?cái)U(kuò)增更快速完成實(shí)驗(yàn)的能力。




革新



傳統(tǒng)的熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)時(shí)間長(zhǎng),是由于受到儀器升降溫速度,以及傳熱的效率所限,整個(gè)實(shí)驗(yàn)時(shí)間時(shí)長(zhǎng)一般為70-120分鐘。


一般來說,熒光定量PCR反應(yīng)的溫度條件是較為固定的,既然無法改變溫度條件,若想提高整個(gè)實(shí)驗(yàn)的速度,那么只能從兩方面著手進(jìn)行優(yōu)化:一是提升溫控性能,二是提高熱傳遞效率。


百泰克公司歷時(shí)三年研發(fā)的PCR儀,就是從這兩方面入手,打破傳統(tǒng)熒光PCR反應(yīng)時(shí)間的枷鎖,為整個(gè)熒光定量PCR技術(shù)帶來革新。

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百泰克快速熒光定量PCR儀BTK-8,采用先進(jìn)的升降溫模塊,升降溫可達(dá)12℃/s,平均升降溫速度為10℃/s,為傳統(tǒng)熒光PCR儀的3-5倍。由于變溫PCR反應(yīng)時(shí),溫度需要從58℃提升至95℃,再降至58℃,如此循環(huán)40~45次,因此升降溫速率的提升可將原本70-120min的檢測(cè)提速至20~30min完成。


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耗材方面,BTK-8摒棄了傳統(tǒng)的0.1ml、0.2ml PCR反應(yīng)管,采用新型的注塑工藝與柔性膜結(jié)合技術(shù),研發(fā)芯片式反應(yīng)耗材,適合大規(guī)模機(jī)械化生產(chǎn),成本進(jìn)一步降低。


單個(gè)芯片包含有10個(gè)獨(dú)立的樣品孔,芯片加樣孔較小,不容易與空氣進(jìn)行交換,從而大大降低了孔洞間的氣溶膠交叉污染的可能性,檢測(cè)體系具有超高的檢測(cè)準(zhǔn)確性,可達(dá)到ABI Q6同等靈敏度,且芯片加樣無需離心去掉氣泡,操作起來更加便捷。


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從下表可以看出,現(xiàn)在BTK-8這款快速定量PCR儀,已經(jīng)能把實(shí)驗(yàn)時(shí)間壓縮至30分鐘以下,而且檢測(cè)下限能夠達(dá)到200 copies/ml,能滿足現(xiàn)在的檢測(cè)需求。相比于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),快速熒光PCR的時(shí)間更短、準(zhǔn)確性更高。


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結(jié)語



在過去的時(shí)間內(nèi),等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)憑借其簡(jiǎn)單快速、便于在基層單位推廣的特點(diǎn),在部分人畜共患病、婦科惡性腫瘤、以及多種呼吸道疾病的檢測(cè)中發(fā)揮著一定的作用。然而伴隨著BTK-8快速熒光PCR儀的橫空出世,使得相關(guān)的檢測(cè)有了一個(gè)更好的選擇。能提供更快捷、準(zhǔn)確實(shí)驗(yàn)結(jié)果的快速熒光定量PCR儀,將會(huì)替代等溫?cái)U(kuò)增的檢測(cè)手段,在多個(gè)領(lǐng)域中發(fā)揮巨大作用。


特別是在病毒疫情仍然全球流行的時(shí)期,由于各國(guó)防控情況不平衡,病毒或?qū)⒃谙喈?dāng)長(zhǎng)的一段時(shí)間內(nèi)與人類共存,甚至有可能會(huì)成為一種長(zhǎng)期存在的一種呼吸道傳播病原體。而在口岸快速排查,基層發(fā)熱門診快速分流的實(shí)際需求,均要求能夠提供快速、準(zhǔn)確、有效的實(shí)驗(yàn)檢測(cè)結(jié)果。相比于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)、BTK-8快速熒光PCR儀則更能滿足這些場(chǎng)景的需求。


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