耶拿高速PCR儀在單細胞轉錄組測序技術中的應用

01

什么是單細胞轉錄組測序

      單細胞轉錄組測序就是在單個細胞水平上對轉錄組進行測序的技術，可以研究在單個細胞內基因表達的情況。而傳統(tǒng)的測序技術，是在多細胞基礎上進行的，得到的是多細胞中信號的均值，往往就會忽略了細胞的異質性，會掩蓋細胞間差異性的信號（圖1）。而單細胞轉錄組測序技術則可以在單細胞水平上分析細胞內群體異質性，定義細胞類型，判斷細胞狀態(tài)以及細胞的動態(tài)轉變，在當下腫瘤方向研究、發(fā)育生物學、生物標志物等研究領域都具有廣闊的應用潛力。

圖1.單細胞轉錄組測序和傳統(tǒng)測序的區(qū)別（摘自網(wǎng)絡）

02

單細胞轉錄組測序技術流程

      以10x Genomics單細胞轉錄組測序技術為例，該技術流程可以簡單總結為四個步驟，分別是：制備樣本，單細胞微滴（GEMs）生成，構建文庫和測序以及分析（圖2）

圖2. 單細胞轉錄組測序技術流程

      其中，在逆轉錄、cDNA擴增以及構建文庫步驟中，PCR儀扮演著重要的角色，具體細分步驟可參考下圖（圖3），包括逆轉錄，cDNA擴增，片段化、末端修復和加A尾，接頭連接以及文庫擴增步驟：

圖3. 單細胞轉錄組測序中需要應用PCR儀的步驟

       由于單細胞轉錄組測序在使用PCR儀的過程中涉及到大體積的體系構建（100ul），對PCR儀加熱模塊的溫度均一性和精確度都有較高的性能要求，德國耶拿Biometra TAdvanced 96SG具有優(yōu)異的溫控系統(tǒng)，溫度準確性達到±0.1℃，溫度均一性達到±0.15℃，適用于5-100ul反應體系大小，是單細胞轉錄組測序流程中逆轉錄、cDNA擴增和文庫構建步驟中的得力助手，可以提供穩(wěn)定、可靠，更多符合下游測序要求的產物。

    值得一提的是，德國耶拿Biometra TAdvanced 96SG是10xGenomics單細胞轉錄組測序操作手冊中推薦使用的PCR儀之一（圖4），這也進一步說明10xGenomics對Biometra TAdvanced 96SG性能的肯定。

圖4. 10xGenomics在單細胞轉錄組測序手冊中推薦了Analytikjena Jena的Biometra TAdvanced 96SG（摘自10xGenomics單細胞轉錄組測序操作手冊）