RAA核酸擴(kuò)增試劑應(yīng)用于恒溫核酸快速擴(kuò)增
重組酶介導(dǎo)鏈置換核酸擴(kuò)增(Recombinase-aid Amplification,RAA),是一種恒溫核酸快速擴(kuò)增技術(shù)。RAA是利用從細(xì)菌或真菌中獲得的重組酶在常溫下可與引物DNA緊密結(jié)合,形成重組酶/引物復(fù)合體,侵入RNA-cDNA雙鏈核酸模板,在侵入位點(diǎn)重組酶將雙鏈打開,同時(shí)單鏈結(jié)合蛋白結(jié)合到被重組酶打開的單鏈上,維持雙鏈模板處于開鏈狀態(tài)。重組酶/引物復(fù)合體開始對(duì)雙鏈進(jìn)行掃描,當(dāng)引物在模板上搜索到與之完(空)全匹配的互補(bǔ)序列時(shí),重組酶/引物復(fù)合體解體,DNA聚合酶結(jié)合到引物的3’端,開始合成新鏈。合成的新鏈又可以作為模板,最終擴(kuò)增產(chǎn)物以指數(shù)級(jí)增長(zhǎng),完成靶標(biāo)基因的擴(kuò)增,可用電泳法進(jìn)行判讀。RAA凍干顆粒具有快速、靈敏度高以及特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),反應(yīng)組分已混合并冷凍干燥成核酸擴(kuò)增試劑,操作簡(jiǎn)便,易于保存。
檢測(cè)原理:
RAA凍干顆粒是基于重組酶介導(dǎo)鏈置換核酸擴(kuò)增(Recombinase-aid Amplification,RAA)技術(shù)開發(fā)的恒溫核酸擴(kuò)增檢測(cè)試劑,在39~42℃恒溫條件下特異識(shí)別并擴(kuò)增目標(biāo)樣本的核酸片段,可配合電泳法進(jìn)行檢測(cè)判斷。
產(chǎn)品用途:
RAA凍干顆粒可應(yīng)用于核酸DNA 的快速擴(kuò)增。
儲(chǔ)存及有效期:
本產(chǎn)品存儲(chǔ)于2~28℃、干燥、避光條件下,有效期為12 個(gè)月。
引物設(shè)計(jì):
RAA核酸擴(kuò)增技術(shù)對(duì)引物設(shè)計(jì)的要求與常規(guī)PCR引物設(shè)計(jì)有一定的區(qū)別。由兩條寡核苷酸組成一對(duì)引物,分別特異性識(shí)別一個(gè)核酸目標(biāo)物的上下游核苷酸序列;引物長(zhǎng)度在28-35 nt之間,序列中無回文序列、連續(xù)單堿基重復(fù)序列和內(nèi)部二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū);引物Tm值不作為設(shè)計(jì)時(shí)主要考慮因素。建議在開展RAA(基礎(chǔ)型)擴(kuò)增反應(yīng)之前,先進(jìn)行引物的篩選試驗(yàn),以便得到較高的檢測(cè)靈敏度。
探針設(shè)計(jì)建議方法:探針長(zhǎng)度在46-52 nt之間,序列避免回文序列、內(nèi)部二級(jí)結(jié)構(gòu)和連續(xù)的重復(fù)堿基;探針的5’端用一種抗原標(biāo)記物標(biāo)記,通常為FAM基團(tuán)或羧基熒光素;內(nèi)部含有堿基核苷酸類似物替換核苷酸(例如四氫呋喃殘基THF-有時(shí)稱為'dSpacer');3’末端有聚合酶延伸阻斷基團(tuán)(例如C3-spacer,磷酸基或雙脫氧核苷酸)。如下圖所示:
注意:在開始實(shí)驗(yàn)前檢查探針5’端標(biāo)記的基團(tuán)與下游引物5’端標(biāo)記的基團(tuán)是否與所用的試紙條相匹配;建議在開展 RAA試紙條型擴(kuò)增反應(yīng)之前,先進(jìn)行引物的篩選試驗(yàn),以便得到較高的檢測(cè)靈敏度。
產(chǎn)品說明:
1. 本產(chǎn)品是“Ready to Use”即用型 RAA凍干顆粒;含有除引物所有的反應(yīng)要素,如重組酶、DNA 聚合酶、逆轉(zhuǎn)錄酶、dNTP 、ATP和PEG 35000等。
2. 試劑盒最(空)低檢測(cè)下限為 10-100copies/測(cè)試(依據(jù)引物篩選優(yōu)化程度和檢測(cè)手段)。
3. RAA試劑,僅擴(kuò)增DNA。
4. 基礎(chǔ)型試劑,適用于電泳法分析條帶。
適用儀器:
恒溫金屬浴、恒溫水浴鍋。
檢測(cè)步驟:
1. 核酸樣本提?。赫?qǐng)參考傳統(tǒng)DNA 提取方法或其他同效商品化試劑盒提取DNA樣本。
2. 操作步驟
2.1 根據(jù)反應(yīng)數(shù)量,按照反應(yīng)體系配制含有水、上游引物(10 μM)、下游引物(10 μM)的 Mix,混合均勻后加入裝有核酸擴(kuò)增試劑的檢測(cè)單元管中;
2.2 向檢測(cè)單元管中加入經(jīng)步驟1處理得到的待測(cè)DNA樣本;
2.3 再向檢測(cè)單元管蓋上加入1.5~2.5 μL 的Mg2+,蓋上管蓋,上下顛倒 輕甩充分混勻5-6次,低速離心10 sec; (注:本步驟“是否充分混勻”將決定實(shí)驗(yàn)結(jié)果的重復(fù)性)
2.4 將檢測(cè)單元管放入37~40℃ 恒溫金屬浴(或恒溫水浴鍋)中,孵育30min。
結(jié)果分析與判定:
可以根據(jù)瓊脂糖電泳、試紙條或熒光法判定實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
注意事項(xiàng):
1. 試劑條檢測(cè),推薦使用免開蓋的裝置進(jìn)行試紙條檢測(cè),避免氣溶膠污染。
2. 開始檢測(cè)前請(qǐng)仔細(xì)閱讀本說明書全文,并嚴(yán)格按照要求進(jìn)行操作。
3.不同類型樣品所提取的核酸含量和純度有差異,可能導(dǎo)致擴(kuò)增效率不同。
4.當(dāng)實(shí)驗(yàn)室環(huán)境、試劑、儀器或配件存在陽性物質(zhì)(例如質(zhì)粒、擴(kuò)增產(chǎn)物等)污染,或樣本間存在交叉污染的情況時(shí),會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確性,出現(xiàn)假陽性結(jié)果。
5. 務(wù)必保證試劑保存、配制或運(yùn)輸?shù)卯?dāng),否則可能導(dǎo)致試劑檢測(cè)性能下降,出現(xiàn)假陰性結(jié)果。
6. 陽性對(duì)照為質(zhì)粒,適用于評(píng)價(jià)本試劑核酸擴(kuò)增性能。
7. 請(qǐng)嚴(yán)格按照基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室的管理規(guī)范進(jìn)行操作。 實(shí)驗(yàn)結(jié)束后,檢測(cè)過程中所產(chǎn)生的廢棄物應(yīng)按照相關(guān)規(guī)范進(jìn)行處理。
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