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截短型 HBsAg 中蛋白反式激活基因克隆

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年11月06日 16:22  

一、引言

乙肝病毒(HBV)感染是全球性的公共衛(wèi)生問題,嚴(yán)重威脅人類健康。HBsAg(乙肝表面抗原)在 HBV 生命周期和致病過程中發(fā)揮著復(fù)雜而關(guān)鍵的作用。其中,截短型 HBsAg 中蛋白具有更好的生物學(xué)功能,尤其是其潛在的反式激活特性,可能參與調(diào)控宿主細(xì)胞內(nèi)眾多基因的表達(dá),進(jìn)而影響病毒的復(fù)制、宿主的免疫應(yīng)答以及疾病的進(jìn)展。然而,目前對(duì)于截短型 HBsAg 中蛋白反式激活的具體靶基因尚未完整明確。因此,開展截短型 HBsAg 中蛋白反式激活基因克隆的研究,對(duì)于深入剖析 HBV 致病機(jī)制具有至關(guān)重要的意義,有望為乙肝的診斷和治療帶來新的突破。

二、材料與方法

(一)材料

細(xì)胞系與菌株

選擇合適的肝細(xì)胞系,如 HepG2 細(xì)胞,其具有乙肝病毒感染相關(guān)的生理特性,能夠較好地模擬體內(nèi)環(huán)境。同時(shí),準(zhǔn)備用于基因克隆的大腸桿菌菌株,如 DH5α,用于后續(xù)的質(zhì)粒擴(kuò)增和保存。

試劑與儀器

高質(zhì)量的反轉(zhuǎn)錄試劑盒、DNA 聚合酶、限制性內(nèi)切酶、T4 DNA 連接酶等分子生物學(xué)試劑。此外,配備核酸電泳儀、PCR 儀、基因測(cè)序儀、熒光顯微鏡等先進(jìn)儀器設(shè)備。

(二)方法

截短型 HBsAg 中蛋白表達(dá)載體的構(gòu)建

截短型 HBsAg 中蛋白基因片段的獲?。和ㄟ^基因合成或從 HBV 感染的臨床樣本中擴(kuò)增截短型 HBsAg 中蛋白基因片段。設(shè)計(jì)特異性引物,利用 PCR 技術(shù)從提取的 HBV DNA 中擴(kuò)增目的基因片段。PCR 反應(yīng)條件經(jīng)過優(yōu)化,包括合適的退火溫度、延伸時(shí)間等,以確保擴(kuò)增產(chǎn)物的特異性和產(chǎn)量。

載體選擇與處理:選擇合適的真核表達(dá)載體,如 pcDNA3.1。使用特定的限制性內(nèi)切酶對(duì)載體進(jìn)行雙酶切,使其線性化。酶切反應(yīng)體系嚴(yán)格按照酶的說明書進(jìn)行配制,確保酶切完整。

基因片段與載體的連接:將擴(kuò)增得到的截短型 HBsAg 中蛋白基因片段與線性化的載體通過 T4 DNA 連接酶在合適的溫度和緩沖體系下進(jìn)行連接,構(gòu)建重組表達(dá)載體。連接產(chǎn)物通過轉(zhuǎn)化大腸桿菌 DH5α,在含有相應(yīng)抗生素的 LB 平板上篩選陽性克隆。挑取單克隆進(jìn)行擴(kuò)大培養(yǎng),提取質(zhì)粒進(jìn)行酶切鑒定和測(cè)序驗(yàn)證,確保重組載體構(gòu)建正確。

細(xì)胞轉(zhuǎn)染與篩選

細(xì)胞培養(yǎng)與轉(zhuǎn)染準(zhǔn)備:將 HepG2 細(xì)胞培養(yǎng)在含 10% 胎牛血清、1% 青霉素 - 鏈霉素的 DMEM 培養(yǎng)基中,在 37℃、5% CO?的培養(yǎng)箱中培養(yǎng)至合適的細(xì)胞密度。轉(zhuǎn)染前一天,將細(xì)胞接種于 6 孔板或其他合適的培養(yǎng)器皿中,使轉(zhuǎn)染時(shí)細(xì)胞達(dá)到 70 - 80% 匯合度。

轉(zhuǎn)染方法:采用脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染法或電轉(zhuǎn)染法將構(gòu)建好的截短型 HBsAg 中蛋白表達(dá)載體轉(zhuǎn)染入 HepG2 細(xì)胞。對(duì)于脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染,將重組質(zhì)粒與脂質(zhì)體按照一定比例混合,在無血清培養(yǎng)基中孵育形成復(fù)合物后,加入到細(xì)胞培養(yǎng)孔中。電轉(zhuǎn)染則需優(yōu)化電轉(zhuǎn)參數(shù),如電壓、脈沖時(shí)間等,以提高轉(zhuǎn)染效率同時(shí)保證細(xì)胞存活率。

穩(wěn)定轉(zhuǎn)染細(xì)胞株的篩選:轉(zhuǎn)染后 48 - 72 小時(shí),加入含有合適篩選藥物(如 G418)的培養(yǎng)基進(jìn)行篩選。定期更換篩選培養(yǎng)基,直至出現(xiàn)穩(wěn)定生長的細(xì)胞克隆。挑取單克隆擴(kuò)大培養(yǎng),通過 Western blotting 或免疫熒光等方法檢測(cè)截短型 HBsAg 中蛋白的表達(dá)情況,確保獲得穩(wěn)定表達(dá)截短型 HBsAg 中蛋白的細(xì)胞株。

基因表達(dá)譜分析

總 RNA 提?。菏占€(wěn)定表達(dá)截短型 HBsAg 中蛋白的 HepG2 細(xì)胞和對(duì)照細(xì)胞(轉(zhuǎn)染空載體的細(xì)胞),使用 TRIzol 試劑或其他高效的 RNA 提取試劑盒提取總 RNA。提取過程中注意避免 RNA 酶污染,通過瓊脂糖凝膠電泳和核酸定量儀檢測(cè) RNA 的完整性和濃度。

RNA 測(cè)序或基因芯片分析:采用 RNA 測(cè)序技術(shù)或基因芯片技術(shù)對(duì)兩組細(xì)胞的基因表達(dá)譜進(jìn)行分析。對(duì)于 RNA 測(cè)序,構(gòu)建 cDNA 文庫,使用高通量測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。對(duì)于基因芯片,將標(biāo)記后的 RNA 與芯片進(jìn)行雜交,通過掃描芯片獲取基因表達(dá)數(shù)據(jù)。

差異表達(dá)基因篩選:對(duì)獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,通過合適的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法篩選出在截短型 HBsAg 中蛋白表達(dá)細(xì)胞中差異表達(dá)的基因。設(shè)定合理的閾值,如倍數(shù)變化大于 2 倍且具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P < 0.05)的基因作為差異表達(dá)基因。

反式激活基因的克隆

候選基因的確定:根據(jù)基因表達(dá)譜分析結(jié)果,從差異表達(dá)基因中篩選出可能受截短型 HBsAg 中蛋白反式激活的候選基因。這些候選基因可能涉及細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、免疫調(diào)節(jié)、細(xì)胞周期調(diào)控等與 HBV 致病相關(guān)的生物學(xué)過程。

基因克隆策略:對(duì)于候選基因,設(shè)計(jì)特異性引物,通過 PCR 技術(shù)從基因組 DNA 或 cDNA 中擴(kuò)增目的基因片段。對(duì)于基因組 DNA 擴(kuò)增,需考慮基因的內(nèi)含子結(jié)構(gòu),確保擴(kuò)增出完整的基因編碼序列。對(duì)于 cDNA 擴(kuò)增,則可直接從總 RNA 反轉(zhuǎn)錄得到的 cDNA 中進(jìn)行。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)過瓊脂糖凝膠電泳分離、純化后,連接到合適的克隆載體(如 pMD18 - T 載體)上。連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌 DH5α,通過藍(lán)白斑篩選或菌落 PCR 篩選陽性克隆。挑取陽性克隆進(jìn)行擴(kuò)大培養(yǎng),提取質(zhì)粒進(jìn)行酶切鑒定和測(cè)序驗(yàn)證,確保成功克隆候選基因。

三、結(jié)果

截短型 HBsAg 中蛋白表達(dá)載體構(gòu)建成功

經(jīng)過酶切鑒定和測(cè)序驗(yàn)證,成功構(gòu)建了含有截短型 HBsAg 中蛋白基因的真核表達(dá)載體,其序列與預(yù)期一致,為后續(xù)的細(xì)胞轉(zhuǎn)染和功能研究奠定了基礎(chǔ)。

穩(wěn)定表達(dá)截短型 HBsAg 中蛋白的細(xì)胞株建立

通過篩選,獲得了穩(wěn)定表達(dá)截短型 HBsAg 中蛋白的 HepG2 細(xì)胞株。Western blotting 和免疫熒光結(jié)果顯示,截短型 HBsAg 中蛋白在細(xì)胞中正確表達(dá),且表達(dá)水平穩(wěn)定。

基因表達(dá)譜分析揭示差異表達(dá)基因

RNA 測(cè)序或基因芯片分析結(jié)果顯示,在穩(wěn)定表達(dá)截短型 HBsAg 中蛋白的細(xì)胞株中,存在大量差異表達(dá)基因。這些基因涉及多個(gè)生物學(xué)過程和信號(hào)通路,其中一些與乙肝病毒感染和致病機(jī)制密切相關(guān)。

反式激活基因克隆成功

通過對(duì)差異表達(dá)基因的篩選和克隆,成功獲得了多個(gè)可能受截短型 HBsAg 中蛋白反式激活的基因克隆。這些基因的成功克隆為進(jìn)一步研究截短型 HBsAg 中蛋白的反式激活機(jī)制提供了重要的實(shí)驗(yàn)材料。

四、討論

本研究通過構(gòu)建截短型 HBsAg 中蛋白表達(dá)載體、建立穩(wěn)定轉(zhuǎn)染細(xì)胞株、分析基因表達(dá)譜以及克隆反式激活基因等一系列實(shí)驗(yàn),深入探究了截短型 HBsAg 中蛋白的反式激活作用。研究結(jié)果表明,截短型 HBsAg 中蛋白能夠顯著影響宿主細(xì)胞的基因表達(dá),這些受調(diào)控的基因可能在 HBV 感染和致病過程中發(fā)揮重要作用。然而,本研究仍存在一些局限性。例如,基因表達(dá)譜分析可能存在一定的假陽性或假陰性結(jié)果,需要進(jìn)一步通過其他實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行驗(yàn)證。此外,對(duì)于克隆得到的反式激活基因,其具體的作用機(jī)制和在 HBV 致病過程中的功能仍需深入研究。未來的研究可以進(jìn)一步利用基因編輯技術(shù)(如 CRISPR/Cas9)對(duì)克隆得到的基因進(jìn)行功能驗(yàn)證,同時(shí)深入探究截短型 HBsAg 中蛋白與宿主細(xì)胞蛋白之間的相互作用,為全面理解 HBV 致病機(jī)制和開發(fā)新型抗病毒治療策略提供更堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)。

五、結(jié)論

綜上所述,我們成功完成了截短型 HBsAg 中蛋白反式激活基因克隆的研究。通過本研究,為深入理解 HBV 致病機(jī)制開辟了新的途徑,為乙肝的診斷和治療提供了潛在的新靶點(diǎn)和理論依據(jù),有望推動(dòng)乙肝防治領(lǐng)域的進(jìn)一步發(fā)展。同時(shí),本研究也為后續(xù)相關(guān)研究提供了重要的實(shí)驗(yàn)方法和技術(shù)參考。


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