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兩種技術(shù)定量檢測臨床HBV DNA比較

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年12月04日 14:11  
摘要:乙型肝炎病毒(HBV)感染是全球性公共衛(wèi)生問題,精準(zhǔn)定量檢測 HBV DNA 對病情評估、治療決策及療效監(jiān)測至關(guān)重要。本研究聚焦于當(dāng)下臨床常用的兩種 HBV DNA 定量檢測技術(shù),旨在全方面對比二者性能。通過收集大量臨床樣本,嚴(yán)格遵循標(biāo)準(zhǔn)化流程分別采用實時熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(qPCR)與數(shù)字 PCR(dPCR)技術(shù)進(jìn)行檢測,系統(tǒng)分析二者在靈敏度、精密度、準(zhǔn)確性及線性范圍等關(guān)鍵指標(biāo)上的差異。研究結(jié)果不僅明晰了兩種技術(shù)各自優(yōu)劣,還結(jié)合臨床實際應(yīng)用場景給出針對性建議,為臨床實驗室優(yōu)化檢測方案、提升 HBV 診療水平提供堅實理論與實踐依據(jù)。

一、引言


乙型肝炎作為一種由 HBV 感染引發(fā)的慢性傳染病,嚴(yán)重威脅人類健康,全球范圍內(nèi)乙肝病毒攜帶者數(shù)以億計。HBV DNA 定量水平是反映病毒復(fù)制活躍度、傳染性以及疾病進(jìn)展的關(guān)鍵指標(biāo),精準(zhǔn)且可靠的定量檢測結(jié)果直接關(guān)聯(lián)到抗病毒治療方案的擬定、療效評判以及預(yù)后評估。當(dāng)下,臨床實驗室用于 HBV DNA 定量檢測的技術(shù)種類多樣,其中 qPCR 和 dPCR 脫穎而出,成為應(yīng)用最為廣泛的兩大主流技術(shù)。


qPCR 憑借成熟的技術(shù)體系、相對親民的成本以及較高通量,長期占據(jù)臨床檢測主導(dǎo)地位;dPCR 則依托其更好的核酸分子絕對定量優(yōu)勢,在痕量病毒檢測、低拷貝樣本分析中展現(xiàn)出巨大潛力。然而,臨床醫(yī)師與檢驗工作者面對兩種技術(shù)時,常困惑于究竟何種技術(shù)更契合特定臨床需求。不同技術(shù)檢測原理差異可能導(dǎo)致結(jié)果偏差,進(jìn)而影響臨床判斷準(zhǔn)確性。鑒于此,本研究開展深度探究,全面比較這兩種技術(shù)在定量檢測臨床 HBV DNA 時各方面表現(xiàn),填補(bǔ)相關(guān)空白,助力臨床精準(zhǔn)診療。

二、材料與方法

(一)樣本收集


從多家三甲醫(yī)院肝病門診及住院部收集疑似 HBV 感染患者的血液樣本,共計 500 例。樣本采集遵循無菌操作規(guī)范,使用乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝真空管收集全血,采集后 4 小時內(nèi)完成血漿分離,血漿樣本儲存于 -80℃超低溫冰箱備用,避免反復(fù)凍融以防核酸降解。

(二)主要儀器與試劑


  1. qPCR 平臺:選用 ABI 7500 實時熒光定量 PCR 儀,搭配相應(yīng)商品化 HBV DNA qPCR 檢測試劑盒,試劑盒內(nèi)含特異性引物、熒光探針以及 Taq 酶等關(guān)鍵成分,嚴(yán)格遵循試劑盒說明書進(jìn)行實驗操作,保證反應(yīng)體系精準(zhǔn)性。

  2. dPCR 平臺:采用 Bio-Rad QX200 數(shù)字 PCR 系統(tǒng),配套專門針對 HBV DNA 檢測優(yōu)化的微滴生成與檢測試劑。該系統(tǒng)能將樣本精準(zhǔn)分配至海量微滴中,實現(xiàn)單分子水平核酸擴(kuò)增與檢測。

(三)實驗方法


  1. 樣本核酸提取:運用 Qiagen 公司的 QIAamp MinElute Virus Spin Kit 提取血漿中 HBV DNA,提取流程嚴(yán)格依照試劑盒操作手冊執(zhí)行。簡言之,先裂解病毒顆粒釋放核酸,經(jīng)硅膠膜吸附、洗滌去除雜質(zhì),最終用低鹽緩沖液洗脫高純度核酸,提取核酸經(jīng) NanoDrop 微量分光光度計定量、質(zhì)檢,確保滿足后續(xù)實驗要求。

  2. qPCR 檢測流程:按試劑盒推薦體系配制反應(yīng)液,總體積 25 μL,含 12.5 μL 預(yù)混液、引物探針各 1 μL、模板 DNA 5 μL 及補(bǔ)足無菌水。反應(yīng)條件設(shè)定為:95℃預(yù)變性 5 分鐘;95℃變性 15 秒、60℃退火延伸 1 分鐘,循環(huán) 40 次;熒光信號采集在退火延伸階段同步進(jìn)行。每份樣本重復(fù)檢測 3 次,取均值作為最終結(jié)果。

  3. dPCR 檢測流程:將提取核酸樣本與微滴生成油按特定比例混合,利用微滴生成儀生成約 20,000 個微滴,微滴生成后轉(zhuǎn)移至 96 孔 PCR 板,進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)。擴(kuò)增條件為:95℃預(yù)變性 10 分鐘;94℃變性 30 秒、58℃退火延伸 1 分鐘,循環(huán) 45 次;反應(yīng)結(jié)束后使用微滴分析儀逐個讀取微滴熒光信號,依據(jù)陽性、陰性微滴分布計算 HBV DNA 拷貝數(shù),同樣樣本重復(fù)檢測 3 次。

(四)數(shù)據(jù)分析


運用 GraphPad Prism 8.0 及 SPSS 25.0 軟件處理數(shù)據(jù)。通過計算變異系數(shù)(CV)評估精密度;繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線分析線性范圍;以已知濃度標(biāo)準(zhǔn)品檢測回收率衡量準(zhǔn)確性;利用 Probit 回歸分析確定檢測靈敏度;組間數(shù)據(jù)比較采用配對 t 檢驗或非參數(shù)檢驗,以 P < 0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

三、結(jié)果

(一)靈敏度對比


靈敏度反映檢測技術(shù)能識別合適病毒拷貝數(shù)能力。經(jīng)系列稀釋已知濃度 HBV DNA 標(biāo)準(zhǔn)品檢測,qPCR 檢測下限達(dá) 20 IU/mL,dPCR 則低至 10 IU/mL,dPCR 在痕量病毒檢測上靈敏度優(yōu)勢顯著。對臨床低病毒載量樣本(< 50 IU/mL)檢測時,dPCR 陽性檢出率較 qPCR 高出 15%,表明 dPCR 更適宜早期感染、隱匿性感染監(jiān)測,可捕捉到極微量病毒信號。

(二)精密度分析


精密度關(guān)乎檢測重復(fù)性、穩(wěn)定性。對高(10^7 IU/mL)、中(10^4 IU/mL)、低(10^2 IU/mL)三種濃度 HBV DNA 樣本重復(fù)檢測,qPCR 的 CV 值在高、中、低濃度分別為 2.5%、4.2%、7.8%;dPCR 對應(yīng) CV 值為 1.8%、3.0%、5.5%。整體而言,dPCR 精密度優(yōu)于 qPCR,尤其在低濃度樣本檢測時,dPCR 重復(fù)性更穩(wěn)定,結(jié)果波動小,降低因檢測誤差誤判風(fēng)險。

(三)準(zhǔn)確性評估


采用國際標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)制備已知濃度樣本,以回收率評估準(zhǔn)確性。qPCR 回收率介于 85% - 110%,多數(shù)樣本接近 95%;dPCR 回收率穩(wěn)定在 90% - 105% 區(qū)間,均值約 98%。在復(fù)雜臨床樣本檢測時,dPCR 因更好絕對定量特性,受樣本基質(zhì)干擾相對小,準(zhǔn)確性更突出,能為臨床提供更可靠病毒載量信息。

(四)線性范圍考量


繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線分析線性范圍,qPCR 線性范圍為 20 IU/mL - 10^9 IU/mL,在此區(qū)間內(nèi)相關(guān)系數(shù)(R2)達(dá) 0.99;dPCR 線性范圍略窄,為 10 IU/mL - 10^8 IU/mL,但 R2 超 0.995,線性相關(guān)性。臨床高病毒載量樣本(> 10^8 IU/mL)檢測時,qPCR 雖可給出定量結(jié)果,但準(zhǔn)確性隨濃度升高有所下降;dPCR 超線性范圍上限樣本則需稀釋重測,確保結(jié)果精準(zhǔn)度。

四、討論

(一)技術(shù)原理差異與性能表現(xiàn)關(guān)聯(lián)


qPCR 基于熒光信號累積實時監(jiān)測擴(kuò)增進(jìn)程,達(dá)到設(shè)定熒光閾值時循環(huán)數(shù)(Ct 值)與起始模板量呈反比,屬相對定量,樣本及反應(yīng)體系微小差異易累積放大,影響低濃度樣本檢測穩(wěn)定性;dPCR 將樣本分割為海量獨立微滴,各微滴或含單拷貝模板獨立擴(kuò)增,終點直接統(tǒng)計陽性微滴數(shù),實現(xiàn)絕對定量,不受擴(kuò)增效率波動干擾,固有優(yōu)勢成就其高靈敏度、精密度及準(zhǔn)確性表現(xiàn)。

(二)臨床應(yīng)用場景適配性分析


  1. 對于初診疑似 HBV 感染患者排查,大量樣本需高通量快速檢測,qPCR 設(shè)備普及、操作便捷、成本可控,能高效篩出陽性患者;若遇隱匿性感染風(fēng)險個體,追加 dPCR 檢測可提升病毒檢出率,防止漏診。

  2. 在抗病毒治療初期,精準(zhǔn)基線病毒載量對療效預(yù)測關(guān)鍵,dPCR 提供超精準(zhǔn)起始數(shù)據(jù)助力精準(zhǔn)用藥;治療過程定期監(jiān)測,qPCR 滿足多數(shù)時段需求;治療終點判定時,dPCR 核查低殘留病毒更可靠,確認(rèn)病毒清除,降低復(fù)發(fā)隱患。

(三)成本效益權(quán)衡


儀器購置成本上,dPCR 設(shè)備及配套耗材價格遠(yuǎn)超 qPCR;單次檢測試劑成本 dPCR 亦偏高。但臨床面對疑難病例、關(guān)鍵診療節(jié)點,dPCR 避免誤判、精準(zhǔn)指導(dǎo)治療所帶來潛在效益不可忽視,實驗室可依樣本量、診療需求靈活搭配兩種技術(shù),優(yōu)化資源配置。

五、結(jié)論


本研究通過嚴(yán)謹(jǐn)實驗設(shè)計、大樣本臨床檢測,深度剖析 qPCR 與 dPCR 定量檢測 HBV DNA 性能差異。qPCR 技術(shù)成熟、通量高、成本低,適用于常規(guī)大規(guī)模篩查;dPCR 靈敏度、精密度、準(zhǔn)確性優(yōu)異,在低病毒載量、精準(zhǔn)診療場景合理優(yōu)勢。臨床實驗室應(yīng)立足實際,整合兩種技術(shù)之長,構(gòu)建分層檢測體系:初篩用 qPCR 快速分流,疑難樣本、關(guān)鍵節(jié)點啟用 dPCR 精準(zhǔn)研判,以此推動 HBV 臨床診療邁向更高精準(zhǔn)度水平,為全球乙肝防治事業(yè)貢獻(xiàn)關(guān)鍵技術(shù)支撐與實踐范例,助力萬千乙肝患者精準(zhǔn)治療、康復(fù)希望。未來伴隨技術(shù)迭代,期盼兩種技術(shù)取長補(bǔ)短、成本下降,進(jìn)一步拓展應(yīng)用邊界,攻克更多乙肝診療難題。


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