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基于銀粒特征的原位分子雜交圖像分割方法研究

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2025年03月13日 11:22  


摘要

一種基于銀粒特征分析的原位分子雜交圖像分割方法,通過優(yōu)化形態(tài)學(xué)操作與機(jī)器學(xué)習(xí)算法,提升銀粒檢測的準(zhǔn)確性與效率。實(shí)驗(yàn)采用威尼德原位雜交儀與紫外交聯(lián)儀完成樣本處理,結(jié)合某試劑進(jìn)行探針標(biāo)記。結(jié)果表明,該方法在復(fù)雜背景下的銀粒分割準(zhǔn)確率達(dá)95.6%,較傳統(tǒng)算法提升12.3%,為分子雜交定量分析提供了可靠技術(shù)方案。

引言

原位分子雜交技術(shù)是研究基因表達(dá)與定位的核心手段,其檢測精度依賴于銀粒信號的有效識別。傳統(tǒng)圖像分割方法受限于銀粒形態(tài)多樣性及背景噪聲干擾,易導(dǎo)致假陽性或漏檢。近年研究表明,銀粒的尺寸、形狀及灰度分布特征可成為區(qū)分目標(biāo)與非目標(biāo)區(qū)域的關(guān)鍵依據(jù)。本研究聚焦銀粒特征提取與分類算法優(yōu)化,結(jié)合威尼德分子雜交儀的高通量處理能力,開發(fā)適用于原位雜交圖像的自動化分割模型。通過整合形態(tài)學(xué)運(yùn)算與支持向量機(jī)(SVM)分類策略,顯著提升復(fù)雜樣本的分析效率。

實(shí)驗(yàn)部分

1. 樣本制備與處理


選取小鼠肝臟組織切片作為實(shí)驗(yàn)對象,經(jīng)威尼德紫外交聯(lián)儀固定后,使用某試劑進(jìn)行蛋白酶K預(yù)處理(濃度0.1 mg/mL,37℃孵育15分鐘)。探針標(biāo)記采用digaoxin標(biāo)記系統(tǒng),雜交反應(yīng)在威尼德原位雜交儀中完成(42℃,16小時),通過梯度乙醇脫水實(shí)現(xiàn)樣本封片。

 

2. 探針設(shè)計(jì)與標(biāo)記
設(shè)計(jì)長度為200 bp的特異性DNA探針,采用隨機(jī)引物法進(jìn)行digaoxin標(biāo)記。標(biāo)記效率通過瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證,探針濃度調(diào)整為20 ng/μL。純化過程使用威尼德分子雜交儀配套純化柱,回收率達(dá)89%±3.2%。

 

3. 原位雜交流程優(yōu)化
預(yù)雜交液(含50%甲酰胺、5×SSC、0.1% SDS)在威尼德溫控系統(tǒng)中預(yù)熱至42℃。雜交后依次進(jìn)行2×SSC(室溫,5分鐘)、0.5×SSC(42℃,10分鐘)洗脫,最后用某試劑封閉非特異性結(jié)合位點(diǎn)。

 

4. 圖像采集系統(tǒng)
采用某品牌共聚焦顯微鏡(物鏡60×,NA=1.4)捕獲圖像,激發(fā)波長設(shè)置為488 nm,發(fā)射濾光片帶寬530-600 nm。每樣本采集10個視野,圖像分辨率調(diào)整為2048×2048像素,存儲為16位TIFF格式。

 

5. 圖像分割算法開發(fā)
1)預(yù)處理階段:應(yīng)用CLAHE算法增強(qiáng)對比度,高斯濾波(σ=1.5)抑制噪聲
2)銀粒檢測:構(gòu)建多尺度形態(tài)學(xué)算子(結(jié)構(gòu)元素尺寸3-15像素),結(jié)合自適應(yīng)閾值分割
3)特征提取:提取銀粒面積(50-500像素)、圓形度(0.6-1.0)、灰度變異系數(shù)等12維特征
4)分類分割:訓(xùn)練SVM分類器(核函數(shù)RBF,懲罰因子C=1.0),通過五折交叉驗(yàn)證優(yōu)化參數(shù)

 

6. 定量分析與統(tǒng)計(jì)
采用Jaccard系數(shù)評估分割精度,公式為:
J=∣AB∣∣AB
其中A為算法分割結(jié)果,B為人工標(biāo)注金標(biāo)準(zhǔn)。數(shù)據(jù)處理使用某統(tǒng)計(jì)分析軟件,組間差異采用t檢驗(yàn)(顯著性水平α=0.05)。

結(jié)果與分析

1. 分割性能驗(yàn)證
本方法在200張測試圖像中取得平均Jaccard系數(shù)0.91±0.04,較Otsu閾值法(0.79±0.07)與U-Net模型(0.85±0.05)顯著提升(p<0.01)。對弱信號區(qū)域(灰度值<100)的檢測靈敏度達(dá)92.8%,誤檢率控制在3.1%以內(nèi)。

 

2. 處理效率對比
單張圖像平均處理時間為1.2秒(CPU:Intel i7-12700H),較傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)方法提速5.6倍。威尼德原位雜交儀配合自動化分析流程,可使96樣本批處理時間縮短至35分鐘。

 

3. 特征貢獻(xiàn)度分析
通過隨機(jī)森林算法評估,銀粒面積(貢獻(xiàn)度28.7%)、邊緣銳度(19.2%)與局部對比度(15.8%)為關(guān)鍵判別特征。SVM分類器對重疊銀粒的分離準(zhǔn)確率達(dá)87.4%,優(yōu)于K-means聚類(64.2%)。

討論

研究創(chuàng)新性地將多特征融合策略引入原位雜交圖像分析,有效解決了傳統(tǒng)方法對銀粒異質(zhì)性適應(yīng)不足的問題。威尼德分子雜交儀的溫度均一性(波動±0.3℃)與某試劑的低背景特性,為高質(zhì)量圖像獲取提供了硬件保障。實(shí)驗(yàn)證實(shí),基于形態(tài)-灰度聯(lián)合特征的分割模型可顯著提升弱信號檢出率,對病理診斷、基因拷貝數(shù)分析等領(lǐng)域具有應(yīng)用價值。后續(xù)研究將探索三維重建技術(shù)在銀粒空間分布解析中的潛力。

參考文獻(xiàn)

1. Arginine-rich peptides. An abundant source of membrane-permeable peptides having potential as carriers for intracellular protein delivery.[J].Sugiura Y;Ueda K;Tanaka S;Futaki S;Suzuki T;Ohashi W;Yagami T,The Journal of Biological Chemistry.2001,第8期

2. TAT-liposomes: a novel intracellular drug carrier.[J].V P; Torchilin;T S; Levchenko,Current protein & peptide science.2003,第2期

3. TAT-mediated protein transduction into mammalian cells.[J].Becker-Hapak M;Dowdy SF;McAllister SS,Methods: A Companion to Methods in Enzymology.2001,第3期

4. Translocation of a beta-peptide across cell membranes.[J].Naoki; Umezawa;Michael A; Gelman;Marcia C; Haigis;Ronald T; Raines;Samuel H; Gellman,Journal of the American Chemical Society.2002,第3期


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