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分子克隆實驗的流程及注意事項--二、TOPO克隆

來源:深圳市安培生物科技有限公司   2025年03月18日 18:19  

二、TOPO克隆

引物設計與PCR擴增
1. 目的片段 PCR 擴增引物合成時,要求引物 5’端不可磷酸化修飾;

2. 建議使用高保真酶進行目的片段的 PCR 擴增,并摸索退火溫度,優(yōu)化反應體系和程序。


PCR產(chǎn)物的純化回收
1.PCR 反應后,產(chǎn)物應當進行瓊脂糖凝膠電泳鑒定,判斷是否存在目的大小的條帶;

2.推薦使用切膠回收的方式純化 ( 切膠時間最好控制在 3min 內(nèi),避免紫外照射對 DNA 的損傷 ),回收濃度使用 NanoDrop/OneDrop 等儀器檢測,濃度應當≥ 30ng/μl,并跑膠鑒定是否僅存在目的條帶;

3.回收濃度低時,可通過增加 PCR 反應體系,采取多管反應單管回收的方式,提高回收產(chǎn)物的濃度。


目的片段連接至載體

1.連接反應體系按照說明書要求投入,各組分投入體積≥ 1μl,若濃度過高可稀釋后使用;

2.連接反應溫度可嘗試 25°C或 37°C,時間 5min,若不長克隆或克隆空載體 / 假陽性,時間可嘗試延長至 30min;

3.連接反應建議在 PCR 儀中進行。


感受態(tài)轉化涂板

1.連接產(chǎn)物轉化的感受態(tài)細胞選擇使用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化學感受態(tài)細胞;

2.感受態(tài)細胞不可反復凍融使用,-80°C取出后建議一次用完;

3.重組產(chǎn)物體積與感受態(tài)細胞體積的比例為 1:10,推薦 10μl 重組產(chǎn)物加入至 100μl 感受態(tài)細胞或 5μl 重組產(chǎn)物加入至 50μl 感受態(tài)細胞;

4.熱激時間:按照感受態(tài)細胞說明書操作進行;

5.平板抗生素抗性:平板使用抗性與轉化的載體抗性需保持一致;

6.菌液涂板體積:將菌液離心(2500×g,3min),移液槍吸取丟棄多余 LB 培養(yǎng)基,保留100μl 重懸后全部涂板;或吸取合適體積涂板。


單克隆菌落PCR鑒定

1.挑取平板中體積大小適中的單克隆菌落,避免選擇過大或過小的單克隆菌落;

2.挑取數(shù)個單克隆菌落進行鑒定分析;

3.挑取的菌落放入已添加 10μl ddH2O 的 1.5ml 或 2ml EP 管中溶解混勻后,吸取 1-2μl 作為PCR 反應(10/20μl 體系)模板;

4.推薦使用一對分別位于片段和載體的上下游引物進行 PCR 鑒定。



常見問題分析:

不長克隆

1. 片段類型錯誤:只兼容 PCR 擴增產(chǎn)物,且引物 5’端不可磷酸化修飾;
2. 片段投入不符合要求:片段應當切膠回收,且回收濃度不低于 30ng/μl;濃度過高時需稀釋使用,保證體系各組分投入體積不小于 1μl;片段投入量應按照說明書公式計算;
3. 連接反應不適當:反應應在 PCR 儀中進行,溫度可設置 25 或 37°C,連接時間可從 5min延長至 30min。


空載體 / 假陽性
1. PCR 擴增產(chǎn)物不單一:優(yōu)化 PCR 體系,提高特異性;對目的片段切膠回收;鑒定更多單克隆;
2. 片段投入不符合要求:片段應當切膠回收,且回收濃度不低于 30ng/μl;濃度過高時需稀釋使用,保證體系投入體積不小于 1μl;片段投入量應按照說明書公式計算;
3. 連接反應不適當:反應應在 PCR 儀中進行,溫度可設置 25 或 37°C,連接時間可從 5min延長至 30min;
4. 菌液 PCR 用酶不適合:PCR 酶活應當不受雜質影響,引物不應選擇插入片段 PCR 用引物進行檢測。


測序突變
1. 測序克隆數(shù)過少:測序單克隆數(shù)只有 1 個時,測序信息部分可信,建議多測幾個單克隆,檢查突變處的測序信號是否有問題,突變是否從模板引入;
2. 突變位置:若堿基突變位于引物處,建議重新合成引物再次實驗;位于其他部位的突變,應當使用高保真酶重新制備模板再次實驗。


測序片段不正確
1. PCR 擴增產(chǎn)物不單一:優(yōu)化 PCR 體系,提高特異性;對目的片段切膠回收;鑒定更多單克??;

2. 模板存在 Amp/kana 抗性的質粒:對目的片段進行切膠回收。


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