植物小分子RNA,主要包括microRNA和小干擾RNA,在基因的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過程中具有重要作用。第二代測序技術(shù)的逐漸成熟和廣泛應(yīng)用極大地推動了小分子RNA相關(guān)研究的發(fā)展,對不同組織和材料中的小分子RNA進行深度測序已成為研究小分子RNA的常規(guī)手段。因此,針對這些數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析成為了研究者們面臨的日益突出的問題。
*遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所王秀杰課題組的研究人員開發(fā)了一套在線的小分子RNA整合分析軟件psRobot。該軟件僅需要用戶提交小分子RNA的成熟體序列,就可以借助多種預(yù)存的高通量數(shù)據(jù)系統(tǒng)的鑒定這些小分子RNA是否為microRNA(或具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)前體的小RNA)以及它們的靶基因情況。該在線工具主要分為兩個功能模塊,*個功能模塊提供與小分子RNA本身相關(guān)的信息,包括小分子RNA在參考基因組上的定位以及莖環(huán)結(jié)構(gòu)的位置、在不同小分子RNA合成蛋白突變體或AGO結(jié)合實驗中的表達水平等。用戶可以基于上述分析結(jié)果來判斷小分子RNA的產(chǎn)生與作用過程。第二個功能模塊進行小分子RNA的靶基因預(yù)測,提供包括參考序列庫中的所有靶基因位點列表、靶位點的多重性、靶位點的保守性以及降解組數(shù)據(jù)等生物實驗數(shù)據(jù)信息。通過以上工具用戶可以方便地獲得所分析的小分子RNA的產(chǎn)生過程、作用機制以及具有的生物學(xué)功能等信息,為系統(tǒng)地研究小分子RNA的功能提供了極大的便利。PsRobot的為:http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/.
該研究在線發(fā)表于英國生物信息學(xué)期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)(DOI:10.1093/nar/gks554)上。王秀杰課題組的博士生吳華君和馬英克為論文共同*作者。該項研究得到了國家自然科學(xué)基金,中科院和*項目等經(jīng)費資助。
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