ChIP試驗(yàn)的結(jié)果示例

基于上述的技術(shù)優(yōu)勢，ChIP首先被用來研究分子層面上的調(diào)控機(jī)制，區(qū)別于其他研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)性的實(shí)驗(yàn)手段。這類分子機(jī)制研究多數(shù)是關(guān)注于DNA結(jié)合位點(diǎn)是否為啟動子區(qū)或其他轉(zhuǎn)錄調(diào)控位點(diǎn)。例如，癌基因myc上游調(diào)控機(jī)制的研究非常之多，然而大多停留于假說階段。Soo等人 [20] 于近期首先發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子Tcf-4和β-catenin共同上調(diào)c-Myc基因調(diào)控因子enhance E的表達(dá)，然而luciferase reporter實(shí)驗(yàn)結(jié)果僅能證明β-catenin和轉(zhuǎn)錄因子Tcf-4與enhance E的相關(guān)性，無法提供證據(jù)表明這兩種細(xì)胞因子如何作用于enhance E基因上。因此，他們采用了ChIP技術(shù)，證明前列腺癌LnCAP細(xì)胞中是Tcf-4而不是β-catenin直接結(jié)合到enhance E基因上，這就表明Tcf-4直接參與到enhance E的調(diào)控中。此結(jié)果與Hatzis等人 [25] 對直腸癌細(xì)胞系LS174T做的ChIP-CHIP測得的結(jié)果一致，證實(shí)了一直以來研究者關(guān)于myc存在遠(yuǎn)端增強(qiáng)子的猜測。類似地，有研究表明β-catenin與FGF2相互作用，影響神經(jīng)干細(xì)胞增殖或分化，然而具體如何協(xié)同調(diào)控增殖或分化進(jìn)程尚未知，直到Israsena等人[10]用ChIP試驗(yàn)證明了β-catenin僅在FGF2存在時(shí)與neurogenin啟動子直接結(jié)合，從而調(diào)控FGF2下游信號通路。這就解釋了FGF2在該信號通路中的主導(dǎo)作用。另一種常見的分子機(jī)制研究則是關(guān)注于DNA結(jié)合位點(diǎn)下游的基因，用此類基因的表達(dá)活化或抑制來解釋表型上的差異。例如，Seo等人 [26] 采用ChIP技術(shù)分析了NeuroD結(jié)合位點(diǎn)的下游基因，發(fā)現(xiàn)了多個(gè)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子，因此得出結(jié)論，NeuroD則位于該神經(jīng)發(fā)育調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重要位置。

其次，ChIP也往往被用來驗(yàn)證其他DNA-蛋白質(zhì)相互作用研究方法所得的結(jié)果。由于其他研究方法并非在體內(nèi)(in vivo)實(shí)現(xiàn)或者尚不能得出確切結(jié)論，因此需要ChIP試驗(yàn)進(jìn)行有力的支持。有研究 [6] 通過WB, MSP,EMSA等技術(shù)發(fā)現(xiàn)乳腺癌細(xì)胞的高度惡性與抑制腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的TFPI-2基因啟動子區(qū)過度甲基化有關(guān)，之后用ChIP試驗(yàn)則證實(shí)了該區(qū)域高度甲基化后確實(shí)轉(zhuǎn)錄水平因此受到影響，為上述的結(jié)論提供更充分的論據(jù)。類似的，Peng等人 [13] 用EMSA技術(shù)得出水稻轉(zhuǎn)錄因子OsLFL1結(jié)合于Ehd1基因的啟動子區(qū)的初步結(jié)論后，采用ChIP在體內(nèi)重復(fù)出了這個(gè)結(jié)果，因此zui終能確定該轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位置。

zui后，ChIP是染色質(zhì)結(jié)構(gòu)改變，特別是組蛋白修飾后，研究全基因組活化或抑制作用的少數(shù)工具之一。ChIP可以針對乙酰化或者甲基化的組蛋白，富集該區(qū)域的DNA，因此可以進(jìn)行基因組的多樣性分析。2008年，Xiang等人 [7] 發(fā)現(xiàn)硒（Se）處理與前列腺癌細(xì)胞的DNA甲基化水平降低、組蛋白乙酰化水平升高、GSTP1（前列腺癌相關(guān)蛋白）活化有關(guān)。試驗(yàn)中，他們用ChIP技術(shù)富集了乙?；疕3-k9和甲基化H3-K9，對分離獲得的DNA進(jìn)行多個(gè)基因的PCR擴(kuò)增。結(jié)果顯示GSTP1基因在處理組和非處理組之間有顯著差異，這表明Se處理的癌細(xì)胞GSTP1啟動子相關(guān)的H3-K9乙?；教岣?、H3-K3甲基化水平降低，預(yù)示Se可能具有調(diào)節(jié)染色質(zhì)表觀結(jié)構(gòu)的功能。

正因?yàn)镃hIP技術(shù)對于表觀遺傳學(xué)及信號轉(zhuǎn)導(dǎo)研究是如此之重要，默克密理博特別為該領(lǐng)域的科學(xué)家們專門開發(fā)了的ChIP解決方案，其中完備的ChIP試劑盒免去提前準(zhǔn)備各種試劑（包括鮭魚精子DNA包被的瓊脂糖珠子、Protein A/G等）的麻煩，的ChIP抗體節(jié)省了抗體測試的時(shí)間和精力，優(yōu)化的protocol大大降低了ChIP實(shí)驗(yàn)的難度、減少摸索實(shí)驗(yàn)條件的時(shí)間。經(jīng)過不斷的改良及完善，新一代的EZ-ChIP能夠提供陰性、陽性對照和DNA純化柱，使ChIP試驗(yàn)更為可靠，大量經(jīng)典文獻(xiàn)的引用即是其品質(zhì)的保證 [27-29] 。另外，對于應(yīng)用越來越多的ChIP on CHIP，默克密理博還提供EZ-Magna ChIP試劑盒，磁珠分離技術(shù)讓ChIP跨入高通量時(shí)代，為全基因組的探索插上翱翔的翅膀。