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ATAC-Seq Kit常見(jiàn)問(wèn)題

1、此試劑是否和Buenrostro et al在nature上發(fā)表的方法一樣？

Active motif 基于最初Buenrostro 的文章和2017年Corces et al. 在nature上發(fā)表的文章，優(yōu)化了緩沖液以滿足跟多的實(shí)驗(yàn)需求和高效的實(shí)驗(yàn)過(guò)程。

2、試劑盒中包含的重組Tn5酶的來(lái)源是？

此試劑盒中的Tn5是由我司克隆，表達(dá)，純化，驗(yàn)證的超活性突變克隆。所提供的這款轉(zhuǎn)座酶預(yù)先已鏈接好用于NGS測(cè)序的接頭（adaptor）序列，所以它不許任何預(yù)處理過(guò)程，可直接用于實(shí)驗(yàn)。

3、每個(gè)反應(yīng)需要使用的小的細(xì)胞數(shù)量或者組織量是多少？

50,000個(gè)細(xì)胞或20 mg組織樣本。

4、可以使用凍存的組織和細(xì)胞嗎？

      可以，但樣本得保證高質(zhì)量且高活性，細(xì)胞應(yīng)在控制速率冷凍中冷凍保存（例如細(xì)胞凍存液梯度凍存），冷凍介質(zhì)的配方應(yīng)防止冰晶形成和隨后的細(xì)胞損傷，組織應(yīng)在-80°C下快速冷凍。

5、可將細(xì)胞核凍存后用于后續(xù)ATAC-seq實(shí)驗(yàn)嗎？

可以的，提取的細(xì)胞核可以-80℃凍存用于后續(xù)使用。制備的同樣品細(xì)胞核可合并在一起增加樣本量。

6、可以使用FACS分選后的細(xì)胞嗎？

可能可以。但FACS后細(xì)胞可能會(huì)被破壞。一個(gè)高質(zhì)量的ATAC-seq 文庫(kù)需要高質(zhì)量高活性的細(xì)胞。

7、您是否建議使用40微米篩孔的細(xì)胞樣本過(guò)濾器？

是的，我們推薦使用Falcon 40微米過(guò)濾器（Falcon貨號(hào)：352340）。

8、所有樣本都需要DNase處理嗎？

DNase的處理能夠幫助確定懸液中游離DNA的去除，如線粒體DNA的去除，如果細(xì)胞樣本中有15%的死亡率，細(xì)胞活性不夠且必須使用此酶，它最終可能會(huì)移除你想要的細(xì)胞數(shù)據(jù)。只有當(dāng)細(xì)胞是活較高時(shí)，并且不會(huì)被酶消化時(shí)，才建議將其作為一種選擇。

9、若沒(méi)有thermomixer，是否還能使用此試劑盒？

建議使用Thermomixer。然而，我們已經(jīng)對(duì)此進(jìn)行了測(cè)試，在37°C溫度下不使用thermomixer而是在帶熱蓋的熱循環(huán)器中進(jìn)行轉(zhuǎn)座反應(yīng)，反應(yīng)能夠成功。

10、      是否能夠室溫融化此試劑盒包含的所有試劑盒組分，如master mixes和酶？

除了轉(zhuǎn)座酶和Q5 DNA polymerase 以外，其他試劑均可室溫融凍。轉(zhuǎn)座酶和Q5 DNA polymerase 包裝中含有甘油，不會(huì)被凍結(jié)，請(qǐng)直接放在冰上使用。其他組分可融凍多次用于以后使用，所以不需要一次性將16次的試劑用完。

11、      每個(gè)樣本需要測(cè)序多少量的reads？

常規(guī)20 M reads的測(cè)序量就足夠了。

 

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